يوضح مبادئ عمل المبخر الوميضى متعدد المراحل في إزالة الملوحة حيث يتم ضخ مياه البحر ( المعالجة ) خلال عدد متتالي من المبادلات الحرارية حيث تتدرج حرارتها في الارتفاع ، بتكثيف البخار الناتج في عرف التبخير الوميضى المقابلة(Flash Chambers) الى درجة حرارة 80-110 م وبعد التسخين التالى الى درجة حرارة 900-120 م بواسطة مصدر بخار خارجی ( البخار من محطة توليد طاقة كهربية بالطريقة الحرارية) فإن مياه البحر تتحرر من الضغط (Flashed) بالتالي خلال عدد من المراحل حيث ينخفض ضغط البخار بالتدريج الى 10 كيلو بار يحدث غليان وتبخر جزئي فى كل مرحلة البخار الذي يتكثف على المبادل الحراري المقابل والذي يتجمع فى قنوات كمياه مقطر ، وهذا البخار يتم انتاجه في كل مرحلة بالتوازي مع المياه المالحة عالية التركيز وذلك حتى انتاج كلا من المياه المقطرة والمياه المالحة من أخر مرحلة عند درجة حرارة حوالي 40 م تجهز غرف التبخير الوميضى لتخفيف الضغط (Vacuum) باستخدام باثق البخار Steam Electors)) للمحافظة على استمرار الانخفاض المطلوب في الضغط خلال المبخر الوميضى متعدد المراحل يتطلب في تصميمه نسبة عالية من مياه البحر لكل وحدة من المياه المقطرة والتي قد تصل الى 8 / 10 ولهذا السبب فأن طاقة الضخ المطلوب تكون كذلك عالية حيث تصل الى 3-5 كيلوات ساعة / المتر المكعب من المياه المقطرة .