خلط بعضهم بين الاستخلاف التكويني لأجيال الإنسان، وبين نصب الله تعالى خليفةً له في الأرض، كآدم وداود ومحمد وآله عليهم ‌السلام.
فقوله تعالى: {إِنْ يَشَأْ يُذْهِبْكُمْ وَيَسْتَخْلِفْ مِنْ بَعْدِكُمْ مَا يَشَاءُ} [الأنعام: 133] وقوله: {فَخَلَفَ مِنْ بَعْدِهِمْ خَلْفٌ وَرِثُوا الْكِتَابَ..} [الأعراف: 169]. وقوله: {وَاذْكُرُوا إِذْ جَعَلَكُمْ خُلَفَاءَ مِنْ بَعْدِ عَادٍ..} [الأعراف: 74] كل ذلك في الاستخلاف التكويني ولا علاقة له بمنصب الخلافة، لكن قوله تعالى: {وَإِذْ قَالَ رَبُّكَ لِلْمَلَائِكَةِ إِنِّي جَاعِلٌ فِي الْأَرْضِ خَلِيفَةً} [البقرة: 30] وقوله: {يَا دَاوُودُ إِنَّا جَعَلْنَاكَ خَلِيفَةً فِي الْأَرْضِ} [ص: 26] وأمثالها من الآيات والأحاديث تتعلّق بمنصب الخلافة الذي جعله الله تعالى لآدم عليه ‌السلام، ولبعض رسله، وليس كلّهم.

فالخلافة لغةً: كل شيء يخلف شيئاً.

لكنّها في الاصطلاح الإسلامي: الشخص الذي يختاره الله تعالى خليفةً له في الأرض.
ولذلك قال المأمون للفقهاء في مناظرته: «فخبّروني عن رجل تختاره الأمة فتنصبه خليفة، هل يجوز أن يقال له خليفة رسول صلى‌ الله ‌عليه ‌وآله ومن قِبَل الله عزّ وجلّ ولم يستخلفه الرسول صلى‌ الله ‌عليه‌ وآله! فإن قلتم: نعم، فقد كابرتم. وإن قلتم: لا وجب أنّ أبا بكر لم يكن خليفة رسول الله صلى‌ الله‌ عليه‌ وآله ولا كان من قبل الله وأنّكم تكذبون على نبي الله صلى‌ الله‌ عليه ‌وآله فإنّكم متعرّضون لأن تكونوا ممن وسمه النبي صلى‌ الله‌ عليه ‌وآله بدخول النار!
وخبّروني في أيّ قوليكم صدقتم؟ أفي قولكم مضى رسول الله ولم يستخلف، أو في قولكم لأبي بكر يا خليفة رسول الله؟! فإن كنتم صدقتم في القولين فهذا ما لا يمكن، كونه إذ كان متناقضاً! وإن كنتم صدقتم في أحدهما بطل الآخر! فاتقوا الله وانظروا لأنفسكم ودعوا التقليد، وتجنّبوا الشبهات، فوالله ما يقبل الله تعالى إلا من عبد لا يأتي إلا بما يعقل ولا يدخل إلا فيما يعلم أنّه حق. والريب شكٌّ وإدمان الشك كفر بالله تعالى وصاحبه في النار». «عيون أخبار الرضا: 2 / 199».
وقد ثبت عندنا بأحاديث صحيحة متواترة أنّ النبي صلى ‌الله‌ عليه ‌وآله نصّ على أنّ الأئمة من عترته هم خلفاء الله تعالى في أرضه. ففي الكافي «1 / 193» عن الإمام الرضا عليه‌ السلام قال: «الأئمة خلفاء الله عزّ وجلّ في أرضه».
وفي رواية أمالي الصدوق / 70: «فإنّهم خلفائي، وأوصيائي، وحجج الله على الخلق بعدي، وسادة أمّتي».
فيكون معنى: السلام عليك يا خليفة الله، يا من جعلك الله خليفته في أرضه. وقد ورد وصف الإمام المهدي عليه‌السلام بالخليفة في مصادر السنّة أيضاً، ففي كتاب الفتن لنعيم بن حمّاد «1 / 224» عن النبي صلى‌ الله‌ عليه ‌وآله قال: «يكون في أمّتي خليفةٌ يحثي المال حثياً، لا يَعُدُّهُ عَدّاً».
وفي صحيح مسلم «6 / 3»: «عن جابر بن سمرة قال: دخلت مع أبي على النبي «ص» فسمعته يقول: إنّ هذا الأمر لا ينقضي حتى يمضي فيهم اثنا عشر خليفة». ونحوه أحمد: 5 / 86.
لا يتوقّف منصب الخلافة للإمام المهدي عليه ‌السلام على أن يحكم فعلاً، فهو ثابتٌ له منذ خلقه الله تعالى، وهو في مدّة غيبته يقوم بمهام خليفة الله تعالى ومعه الخضر عليه‌ السلام والأبدال الذين هم جنود الله في الغيب، نعم تظهر خلافته ظهورًا كاملاً عندما يظهر ويقيم دولة العدل الإلهي.

السلام عليك يا خليفة الله وناصر حقّه:
حق الله تعالى في الأرض: أن يُوَحِّدَهُ الناس ولا يشركوا به، وأن يطيعوه ولا يعصوه. ومعنى نصرة الإمام المهدي عليه‌ السلام لهذا الحق: أنّه يدافع عنه، ويعمل لتحقيقه بدعوة الناس الى الإيمان بالله وتوحيده، والإيمان بما أنزله على رسوله صلى ‌الله‌ عليه ‌وآله، ويطبق ذلك ببرامج وقوانين.
ومعنى نصرة حق الله تعالى: أنّه يوجد مَن يعتدي على هذا الحق، ويجب مجاهدته ورد ظلمه، وهم الملحدون والمجسّمون لله تعالى.
والإمام المهدي عليه‌ السلام صاحب الحق في جهادهم، وهذا يعني أنّ سياسة جدّه صلى ‌الله‌ عليه‌ وآله كانت لمرحلة، فهو يكملها، وتتسع دائرة من يجاهدهم.
وفي بعض النسخ: وناصر خلقه بدل حقه، وتكون نصرة خلق الله تعالى بأن يملأ الأرض قسطاً وعدلاً، كما أخبر جده رسول الله صلى ‌الله ‌عليه ‌وآله.