يمكن استخدام هذه التقنية لفصل البروتينات التي لها أوزان جزيئية متقاربة ولكنها تختلف بالشحنة بالاعتماد على خاصية بؤرة تعادل الشحنة pI لكل جزيئة بروتينية تعرف pI بأنها تلك الأس الهيدروجيني التي تتساوى فيها الشحنات الموجبة والسالبة على جزيئة المركب أو البروتين والتي تعرف بنقطة تعادل الشحنة وتكون محصلة الشحنة على المركب مساوية الى صفر. وتجري العملية في عمود يحتوي على مواد ذات تدرج في الأس الهيدروجيني وتسمى بالأمفوتيرية Ampholytes والتي تكون عبارة عن أحماض أمينية متعددة ذات خواص مختلفة في شحنتها ومن ثم الاختلاف في نقطة التعادل الكهربائي pI يضاف اليها هلام من نوع الأكريل أميد بتركيز واطئ وكذلك السكر (بدون  شحنات) وكذلك البروتين المراد تحليله.

يعطي خليط من المواد الأمفوتيرية تدرج في الأس الهيدروجيني استناداً الى نوعه، ويتركب من المجاميع النشطة المختلفة مثل الكاربوكسيل، الإميدازول، الأمينات.... الخ. ويرتبط مع حامض مخفف وقطب قاعدي ويسبب التيار الكهربائي انتقال الايونات استناداً الى الشحنات التي تحملها وتكون التي لها نقاط تعادل الشحنة واطنة (مثل مجموعة الكاربوكسيل) تتحرك نحو القطب القاعدي، معطية تدرج في الأس الهيدروجيني لجزيئات الأمفوتيرية Ampholytes اما الجزيئات الكبيرة (مثل البروتينات المطلوب تحللها فتتحرك استناداً الى الشحنات التي تحملها، فحركتها تعتمد على المجاميع السالبة والموجبة وباتجاه مناطق الأس الهيدروجيني معطياً حزما خاصة منفصلة يمكن ملاحظتها بصورة واضحة (الشكل 18-13). فمثلاً البروتينات التي تتوقف في البداية تكون حامضية ثم متعادلة ثم قاعدية وبالتالي يمكن معرفة طبيعة البروتين. ومن الممكن فصل النوعيات المختلفة ذات الاختلاف القليل (0.01  وحدة pH) في نقطة التعادل الكهربائي. وعلى هذا تعد هذه الطريقة ذات أهمية العالية في تنقية وفصل الإنزيمات.