تعتبر المياه الجوفية أفضل من مياه المجارى السطحية والبحيرات نظراً لخلوها من الكائنات الحية الدقيقة المسببة للأمراض مثل البكتيريا والفيروسات خاصة على الأعماق التي تزيد عن 40 متر من سطح الأرض. ولكن المياه الجوفية قد لا تكون متاحة أو تكون الكميات التي يمكن سحبها محدودة حيث أن السحب من المياه الجوفية يجب ألا يزيد عن التغذية الطبيعية لهذه الخزانات الجوفية. لذلك فعندما تكون التغذية صغيرة، فإن السحب الأمن من البئر سيكون كذلك صغيرا. يمكن زيادة الشحن الجوفي للخزان الجوفي ما يزيد من السحب الأمن. وتتم عملية الشحن بتغذية الخزان الجوفي من الأنهار أو من البحيرات إما مباشرة أو بنشر المياه فوق منطقة التسرب حيث تتسرب المياه خلال التربة إلى الخزان الجوفي. الشحن الجوفي يمكن أن يوفر إمدادات المياه للتجمعات الصغيرة في كثير من البلاد. الشحن الجوفي بالإضافة إلى كونه من عوامل زيادة إنتاجية البئر فإنه يعمل كذلك على تنقية هذه المياه المتسربة. فعند تسرب المياه من المجارى الطبيعية كالأنهار أو من البحيرات خلال تربة ذات مسام وحبيبية فإنه يحدث الترشيح والإزالة النسبة عالية من المواد الصلبة العالقة والهلامية (الغروية) وكذلك البكتيريا والفيروسات والكائنات الحية الصغيرة الأخرى، حيث تعمل تربة الخزان الجوفي كمرشح رملي بطيء، ذلك على أساس أن يتم استعادة ضخ المياه من مسافة كافية من نقطة الشحن والتي يفضل أن تزيد عن 50 متر. يتجه للعمليات البيوكيماوية والامتصاص والترشيح فإن المياه تصبح نقية وأمنه للاستخدام المنزلي. في كثير من الحالات يمكن استخدامها بدون معالجة تالية حيث يتم تأكيد صلاحيتها بالاختبارات المعملية.

الطرق الرئيسية للشحن الجوفي الصناعي للخزان الجوفي هي التسرب القريب منجسر المصدر المائي السطحي أو نشر المياه على سطح تربة مسامية. في حالة الربط ما بين الشحن الجوفي والتخزين الجوفي فأنه يمكن تخزين المياه من المجرى المائي في فترة وفرة المياه وإعادة سحب المياه في حالة الجفاف أو في حالة ضعف تدفقات المياه في المجرى المائى بالإضافة إلى فائدة التخزين فانه يتم حماية المياه من الفقد بالبخر من التلوث لناتج عن نمو الطحالب.