الخلاف القائم بين الطائفتين يتكوّن من عاملين رئيسيين هما :

الأول: الخلاف في الخلافة الاسلامية ومن هو المتأهل أهلية صالحة للولاية العامة والرئاسة الشاملة وهي لا تحصل إلا لمن خصّه اللّه بالكمال وخلّصه من شوائب النقص في الأقوال والأفعال ونزهه عن الظلم للرعية حتى يقيم الحدود و{اللَّهُ أَعْلَمُ حَيْثُ يَجْعَلُ رِسَالَتَهُ} [الأنعام: 124] والشيعة لا يرون تحقق تلك الشروط وحصول تلك الصفات إلّا في من اختاره اللّه وأمر نبيّه بالنصّ عليه وهو علي بن ابي طالب (عليه السلام) وأولاده صلوات اللّه عليهم اجمعين كما ذكرنا تعيين خلافة عليّ (عليه السلام) بالآيات القرآنية والروايات المتواترة عن رسول اللّه [صلى الله عليه واله] من الصحاح الستة فضلا عن كتب علماء الشيعة.

الثاني: عوامل السلطة فإن الطبقة التي سيطرت على نظام الحكم رأت من نفسها عدم انطباق تلك الشروط عليها والشيعة لا يرون قيمة لسلطان لا يتمسّك حق التمسك بالشرع ولا يتنزّه عن الظلم ولا يتورع عن المحارم فرأت السلطات ان موقف الشيعة الى جنب آل محمّد [صلى الله عليه واله] ومعارضتهم لسياساتهم محاولة ظاهرة للقضاء على كيان الملك الذي تربعوا على دسته بدون اهلية وهو من حق آل محمّد [صلى الله عليه واله] فهم يحذرونهم أشد الحذر ويدفعون الناس إلى التبرؤ منهم بشتى الوسائل حتى اصبحت تهمة التشيع يفرون منها ويرون أنها أعظم من تهمة الزندقة كما يوضح لنا الشافعي ذلك بقوله:

إذا في مجلس ذكروا عليّا                   وسبطيه وفاطمة الزكية

   يقال تجاوزوا يا قوم هذا                     فهذا من حديث الرافضية

      برئت إلى المهيمن من اناس‏               يرون الرفض حبّ الفاطميّة