لمّا تسلّم محمّد قيادة ولاية مصر قامت قيامة معاوية فأرسل جيشا بقيادة ابن العاص لاحتلال مصر والتحم الجيشان فانهزم أهل الشام فاستنجد ابن العاص بمعاوية فأمدّه بجيش جرّار بقيادة معاوية بن خديج ودارت بين الجيشين معركة رهيبة استشهد فيها القائد العامّ لجيش محمّد وعلى أثره فقد انهزم الجيش وفرّ محمّد ولم يجد ركنا شديدا يأوي إليه فالتجأ إلى خربة فأقام فيها وخرج وفرّ محمّد ولم يجد ركنا شديدا يأوي إليه فالتجأ إلى خربة فأقام فيها وخرج ابن حديج في طلبه فأخبره بعض علوج المصريّين أنّه في الخربة فهجم عليه وألقى عليه القبض وقد بلغ منه العطش مبلغا عظيما فطلب الماء فردّ عليه السفّاك الأثيم ابن خديج قائلا : لا سقاني الله إن سقيتك قطرة إنّكم منعتم عثمان الماء ثمّ قتلتموه وكان صائما والله! لأقتلنّك يا ابن أبي بكر فيسقيك الله الجحيم ...

وتمثّلت الروح الأموية القذرة التي تحمل طبيعة وخسّة الأشرار بهذا الإنسان الممسوخ الذي منع الماء عن أسير عنده والتفت إليه البطل قائلا : يا ابن اليهودية النسّاجة! أما والله! لو كان سيفي بيدي ما بلغتم بي هذا .

والتفت ابن خديج إلى محمّد قائلا : أتدري ما أصنع بك ادخلك في جوف حمار ثمّ أحرقه عليك بالنار.

وأجابه البطل المؤمن : إن فعلتم ذلك بي فطالما فعلتموه بأولياء الله.

وطال الجدل بينهما فانبرى ابن خديج فانفذ فيه حكم الاعدام وألقى جسده الطاهر في جيفة حمار ميّت وأحرقه بالنار بعد أن احتزّ رأسه الشريف وأرسله هدية إلى ابن آكلة الأكباد سيّده معاوية وهو أوّل رأس طيف به في الإسلام .

وانتهت بذلك حياة هذا المجاهد الكبير الذي وهب حياته لله تعالى وقد خسر المسلمون بوفاته علما من أعلام العقيدة والجهاد ؛ ولمّا انتهى الخبر المؤلم بشهادة محمّد إلى الإمام أمير المؤمنين (عليه السلام) بلغ به  الحزن أقصاه وراح يصوغ من أساه هذه الكلمات : لقد كان لي حبيبا وكان لي ربيبا .

وقال بمرارة وحزن عميق : وا محمّد بن أبي بكر ; قد استشهد فعند الله نحتسبه ولدا ناصحا وعاملا كادحا وسيفا قاطعا وركنا دافعا ؛ رحم الله محمّدا وأجزل له المزيد من الأجر فقد كان من عمالقة المجاهدين العارفين للحقّ والمستشهدين من أجل رفع كلمة الله في الأرض وحسم مادة الشرك .