يواجه المفسّر في طريقه ثلاث عقبات مهمّة.

1- ليس التفسير الموضوعي بأن تجعل فهارس الآيات أمامك وتجمع الآيات التي ورد فيها ذكر لكلمات المواضيع التي تريد البحث فيها، مثل الجهاد والتقوى‏، لأنّ الكثير من الآيات تتكلم حول هذه المواضيع بدون أن تُذكر فيها كلمة التقوى‏ أو الجهاد، ولا بأس هنا أن نذكر مثالًا واحداً، نحن نعلم أنّ اللَّه سبحانه «رحمن» و «رحيم» و«أرحم الراحمين» وهذا المعنى‏ وارد، في الكثير من آيات القرآن، ولكن توجد آيات تبيّن هذه الحقيقة بدون استعمال مادة «رحم»، منها: {وَلَوْ يُؤَاخِذُ اللَّهُ النَّاسَ بِظُلْمِهِمْ مَّا تَرَكَ عَلَيْها مِنْ دَابَّةٍ} «1» (النحل/ 61).

ونفس هذا المعنى مع اختلاف يسير ذكر في الآية 45 من سورة فاطر: {وَلَوْ يُؤَاخِذُ اللَّهُ النَّاسَ بِمَا كَسَبُوا مَا تَرَكَ عَلَى ظَهْرِهَا مِنْ دَابَّةٍ}.

هاتان الآيتان تشيران إلى‏ رحمة اللَّه ولطفه المطلق على‏ عباده من غير أن تُستعمل مادة (رحم) في الآيتين.

2- العقبة الاخرى‏ التي تعترض التفسير الموضوعي مشكلة جمع الآيات وأخذ النتيجة منها، فهذه العملية تحتاج إلى‏ دقة وظرافة وذوق ووعي كامل واحاطة تامّة بالآيات القرآنية والتفاسير، وعندما تكون الآيات المرتبطة بموضوع ما كثيرة ويكون لكل منها بعدٌ خاصٌ بها فإنّ الجمع سيكون أكثر تعقيداً.

مضافاً إلى‏ ذلك فإنَّ التفسير الموضوعي لا يزال يخطو خطواته الاولى‏ ولم يُبذل في هذا النطاق جهد وسعيٌ حثيث، وهذا يجعل الأمر أكثر صعوبة وتعقيداً بالنسبة للمبتدئين ويختلف كثيراً عن التفسير المعتاد المتّبع منذ نزول القرآن.

3- العقبة الكبيرة الثالثة : إنّ موضوعات القرآن الكريم، هذا الكتاب الإلهي العظيم لا حدّ لها ولا حصر، ففيه المسائل العقائدية والعلمية، وفيه المسائل الأخلاقية والسياسية والاجتماعية والاقتصادية، وآداب العشرة وأحكام الحرب والسلم وتاريخ الأنبياء وامور الكون و .. الخ.

وفي كل واحدة من هذه الامور موضوعات كثيرة بحثها القرآن، ومناقشة كل هذه المسائل تحتاج إلى‏ وقت طويل وصدر واسع.

وأحياناً تبحث الآية الواحدة في التفسير الموضوعي أبحاثاً عديدة من جهات مختلفة، وفي كل بُعد من أبعادها يجب بحث فصل خاص به، في حين تفسر الآية في التفسير الترتيبي تفسيراً واحداً فقط.

 _____________________
(1). لابدّ من الإشارة إلى‏ أنّ الآية الاولى‏ تشير إلى‏ ظلم الناس وفي الآية الثانية جاء بدل الظلم الاكتساب، ومن جمع الآيتين معا يظهر أنّ الكثير من الأعمال التي تصدر من الناس ليست خالية من نوع مِن أنواع الظلم.