وصنفت الآيات الى زوج معرفي حكمته تعود الى التفاعل بين كل زوج معرفي اذ لا يفهم احدهما دون الاخر (محكم ومتشابه)،(ناسخ ومنسوخ )،(زجر وأمر)،( ظاهر وباطن)،(قرآن وفرقان).
• الزاجر والامر 
عن أبي بصير قال: سمعت أبا عبد الله (عليه السلام) يقول‏ إن القرآن زاجر وآمر يأمر بالجنة ويزجر عن النار .
• الظاهر والباطن
عن حمران بن أعين عن أبي جعفر (عليه السلام) قال‏ ظهر القرآن‏ الذين نزل فيهم وبطنه الذين عملوا بمثل أعمالهم‏ .
عن جابر قال : قال أبو عبد الله (عليه السلام) يا جابر إن للقرآن بطنا وللبطن ظهرا ثم قال يا جابر وليس شي‏ء أبعد من عقول الرجال منه، إن الآية لتنزل أولها في شي‏ء وأوسطها في شي‏ء وآخرها في شي‏ء، وهوكلام متصل يتصرف على وجوه.
عن الفضيل بن يسار قال‏ سألت أبا جعفر عن هذه الرواية (ما في القرآن آية إلا ولها ظهر وبطن، وما فيه حرف إلا وله حد ولكل حد مطلع) ما يعني بقوله لها ظهر وبطن قال : ظهره وبطنه تأويله، منه ما مضى ومنه ما لم يكن بعد، يجري كما يجري الشمس والقمر، كلما جاء منه شي‏ء وقع قال الله تعالى‏ {وَما يَعْلَمُ تَأْوِيلَهُ إِلَّا اللَّهُ وَالرَّاسِخُونَ فِي الْعِلْمِ } [آل عمران : 7]  نحن نعلمه‏ .
• المحكم والمتشابه
عن أبي بصير قال: سمعت أبا عبد الله (عليه السلام) يقول‏ إن القرآن فيه محكم ومتشابه، فأما المحكم فنؤمن به ونعمل به وندين به، وأما المتشابه فنؤمن به ولا نعمل به‏ .
• الناسخ والمنسوخ
عن مسعدة بن صدقة قال‏ سألت أبا عبد الله (عليه السلام) عن الناسخ والمنسوخ والمحكم والمتشابه قال : الناسخ الثابت المعمول به، والمنسوخ ما قد كان يعمل‏ .
•  قرآن وفرقان 

عن عبد الله بن سنان : قال‏ سألت أبا عبد الله (عليه السلام) عن القرآن والفرقان، قال : القرآن جملة الكتاب وأخبار ما يكون، والفرقان المحكم الذي يعمل به، وكل محكم فهو فرقان‏ .