قد تحوي البروتينات مناطق غير منتظمة (Irregular)

ليست كل الثمالات موجودة بالضرورة ضمن البنى الثانوية المنتظمة. وتأخذ بعض المناطق النوعية للعديد من البروتينات هيئات فراغية متعددة في المحاليل وهي - بالتالي - غير منتظمة حقيقة. ومن الأمثلة على ذلك نذكر الزمر "R" الطويلة لثمالات الليسيل وأجزاء من النهايات الكربوكسيلية والأمينية للعديد من عديدات الببتيد. يؤمن هذا الاضطراب مرونة لعديد الببتيد ويفترض أن لها دوراً حيوياً فعالاً. هذا وتنتظم العديد من هذه المناطق غير المنتظمة عندما ترتبط بها لجائن نوعية، والمثال الشائع لذلك هو تثبيت المناطق غير المنتظمة للمقرات الحفازية Catalytic) (sites للعديد من الإنزيمات عند ارتباط اللجين (Ligand) بها.