كان السبب قبض الرشيد على أبى الحسن موسى (عليه السلام) وحبسه وقتله : ما ذكره احمد بن عبيدالله بن عمار عن على بن محمد النوفلى عن أبيه وأحمد بن محمد بن سعيد، وأبو محمد الحسن بن محمد بن يحيى عن مشايخهم قالوا : كان السبب في أخذ موسى بن جعفر  (عليهما السلام ) ان الرشيد جعل ابنه في حجر جعفر بن محمد بن الاشعث، فحسده يحيى بن خالد بن برمك على ذلك، وقال : ان افضت اليه الخلافة زالت دولتي ودولة ولدى، فاحتال على جعفر بن محمد وكان يقول بالامامة حتى داخله وآنس اليه، وكان يكثر غشيانه في منزله فيقف على أمره ويرفعه إلى الرشيد ويزيد عليه في ذلك بما يقدح في قلبه، ثم قال يوما لبعض ثقاته : أتعرفون لى رجلا من آل ابى طالب ليس بواسع الحال فيعرفنى ما احتاج اليه؟ فدل على علي بن اسمعيل بن جعفر بن محمد فحمل اليه يحيى بن خالد مالا وكان موسى (عليه السلام) يأنس بعلى بن اسمعيل بن جعفر بن محمد، ويصله ويبره، ثم انفذ اليه يحيى بن خالد يرغبه في قصد الرشيد، ويعده بالا حسان اليه، فعمل على ذلك وأحس به موسى (عليه السلام) فدعاه فقال له : إلى اين يابن أخى؟ قال : إلى بغداد، قال : وما تصنع؟ قال : على دين وانا مملق فقال له موسى (عليه السلام) : فانا أقضى دينك وأفعل بك وأصنع؟ فلم يلتفت إلى ذلك، وعمل على الخروج ؛ فاستدعاه أبوالحسن (عليه السلام) وقال له : انت خارج؟ قال : نعم لا بد لى من ذلك فقال له : انظر يابن أخى واتق الله ولا تؤتم أولادي؟ ووصله بثلاثمائة دينار وأربعة آلاف درهم، فلما قام بين يديه قال أبوالحسن موسى (عليه السلام) لمن حضره : والله ليسعين في دمى وليؤتمن أولادى؟ فقالوا له : جعلنا الله فداك فأنت تعلم هذا من حاله وتعطيه وتصله؟ قال لهم : نعم، حدثنى أبى عن آبائه عن رسول الله (صلى الله عليه وآله ) ان الرحم اذا قطعت فوصلت فقطعت قطعها الله، وانى اردت أن اصله بعد قطعه لى حتى اذا قطعني قطعه الله قالوا فخرج على بن اسمعيل حتى اتى يحيى بن خالد فتعرف منه خبر موسى بن جعفر  (عليهما السلام ) فرفعه إلى الرشيد وزاد فيه، ثم اوصله إلى الرشيد فسئله عن عمه فسعى به اليه وقال له : ان الاموال تحمل اليه من المشرق والمغرب، وانه اشترى ضيعة سماها اليسير بثلاثين الف دينار فقال له صاحبها وقد أحضره المال : لا آخذ هذا النقد ولا آخذ الا نقد كذا وكذا فامر بذلك المال فرد وأعطاه من النقد الذى سئل بعينه، فسمع ذلك منه الرشيد وأمر له بمأتى ألف درهم يسبب بها على بعض النواحي، فاختار بعض كور المشرق ومضت رسله لقبض المال واقام ينتظر وصوله، ودخل في بعض تلك الايام إلى الخلاء فزحر زحرة خرجت منها حشوته كلها، فسقط وجهدوا في ردها فلم يقدروا، فرفع لما به وجائه المال وهو ينزع، فقال : ما أصنع به وأنا الموت؟  وخرج الرشيد في تلك السنة إلى الحج وبدأ بالمدينة، فقبض فيها على أبى الحسن موسى (عليه السلام) ويقال : انه لما ورد المدينة استقبله موسى (عليه السلام) في جماعة من الاشراف وانصرفوا فمضى ابوالحسن (عليه السلام) إلى المسجد على رسمه، فقام الرشيد إلى الليل فصار إلى قبر رسول الله (صلى الله عليه وآله ) فقال : يا رسول الله انى اعتذر اليك من شيء أريد أن أفعله : أريد ان أحبس موسى بن جعفر فانه يريد التشتيت بين امتك وسفك دمائها.

 ثم خرج يحيى بن خالد على البريد حتى وافى بغداد، فماج الناس وأرجفوا بكل شيء، واظهر انه ورد لتعديل السواد والنظر في أمور العمال، وتشاغل ببعض ذلك اياما، ثم دعى السندي بن شاهك فأمره فيه بأمره فامتثله، وكان الذى تولى به السندي قتله (عليه السلام) سما جعله في طعام قدمه اليه، ويقال : انه جعله في رطب فأكل منه فأحس بالسم ولبث ثلاثا بعده موعوكا منه ثم مات في اليوم الثالث. ولما مات موسى (عليه السلام) ادخل السندي بن شاهك عليه الفقهاء ووجوه أهل بغداد، وفيهم الهيثم بن عدى وغيره، فنظروا اليه لا أثر به من جراح ولا خنق، وأشهدهم على انه مات حتف انفه، فشهدوا على ذلك، واخرج ووضع على الجسر ببغداد ونودى : هذا موسى بن جعفر  (عليهما السلام ) قدمات فانظروا اليه، فجعل الناس يتفرسون في وجهه وهو ميت، وقد كان قوم زعموا في ايام موسى (عليه السلام) انه هو القائم المنتظر، وجعلوا حبسه هو الغيبة المذكورة للقائم، فامر يحيى بن خالد أن ينادى عليه عند موته : هذا موسى بن جعفر الذى تزعم الرافضة انه هو القائم لا يموت، فنظروا اليه، فنظر الناس اليه ميتا، ثم حمل فدفن في مقابر قريش في باب التين، وكانت هذه المقبرة لبنى هاشم والاشراف من الناس قديما.

وروى انه لما حضرته الوفاة سئل السندي بن شاهك ان يحضره مولى له مدنيا ينزل عند دار العباس بن محمد في مشرعة القصب، ليتولى غسله وتكفينه ففعل ذلك، قال السندي : فكنت ناحية حتى سئلته  في الاذن لى ان اكفنه فأبى وقال : انا اهل بيت مهور نسائنا وحج صرورتنا واكفان موتانا من طاهر أموالنا، وعندي كفنى واريد ان يتولى غسلى وجهازي مولاي فلان فتولى ذلك منه.