الفلفل نبات عشبي حولي، يمكن تعقيره في المناطق المعتدلة بحيث ينمو لمدة موسم آخر في ربيع العام الثاني للزراعة، بعد تقليمه تقليما جائرا قبل حلول فصل الشتاء، إلا أن النوع C. frutescens شجيري معمر ، وتنمو نباتاته البرية معمرة في موطنه الأصلي في أمريكا الجنوبية.

يقطع الجذر الأولى للنبات - عادة - عندما تقلع البادرات من المشتل لشتلها ، ثم تنمو عدة أفرع جذرية على بقايا الجذر الأولى ، وقاعدة الساق بعد الشتل . تنمو بعض هذه الأفرع أفقيا ، وينمو البعض الآخر رأسيا . وفي النباتات البالغة .. تشغل الجذور التربة جيدا لعمق 60 - 90 سم ، ولمسافة 90 سم حول قاعدة النبات.

ينمو نبات الفلفل قائما erect ، ويكون النمو الخضري مندمجا compact في معظم الأصناف. تتفرع الساق الرئيسية والأفرع التالية تفرعا ثنائي الشعبة dichotomously ؛ لذا فإن الساق الرئيسية للنبات تنتهي عند أول تفرع. تكون الساق وتفرعاتها عشبية في البداية، ولكنها سرعان ما تتخشب مع تقدم النبات في العمر ، كما تكون سهلة الكسر.

أوراق الفلفل ملساء ، كاملة الحافة ، تختلف في الشكل من بيضاوية إلى مستطيلة ، وتكون الأوراق أصغر حجما وأضيق في الأصناف الحريفة عنها في الأصناف الحلوة.

تحمل الأزهار مفردة عادة في نهايات الأفرع، إلا أنه بسبب طبيعة التفرع الثنائي الشبعة .. فإنها تبدو محمولة في اباط الأوراق ، وتحمل الثمار في بعض الأنواع في نورات محدودة صغيرة يبلغ طول عنق الزهرة حوالى 1٫5 سم . الكأس صغير يتكون من خمس سبلات تكبر مع نمو الثمرة لتحيط بقاعدتها. يتكون التويج من خمس بتلات منفصلة لونها أبيض. توجد عادة خمس أسدية منفصلة. قلم الزهرة طويل، وينمو لمسافة أطول من الأسدية. يتكون المبيض من 2 - 4 مساكن.

يعتبر الفلفل من النباتات الخلطية التلقيح جزئيا، ويتم التلقيح الخلطي بواسطة الحشرات التي تزور الأزهار لجمع الرحيق وحبوب اللقاح. ولا تعد أزهار الفلفل جذابة للحشرات. وقدرت نسبة التلقيح الخلطي بنحو 7 - 68٪ في دراسات مختلفة.

ثمرة الفلفل عنبة (لبية) berry، ذات عنق قصير وسميك. تحمل الثمار متجهة لأعلى عادة (erect) وهي صغيرة، وقد تبقى كذلك في بعض الأصناف، أو قد تتجه إلى أسفل أثناء نموها في أصناف أخرى لتصبح متدلية (pendant). تختلف الثمار في الشكل .. فقد تكون مكعبة (ناقوسية) ، أو قلبية ، أو أسطوانية ، أو كروية ، أو كريزيه ، أو بشكل ثمرة الطماطم ، أو طويلة ورفيعة ، لونها أصفر ، أو أحمر ضارب إلى البرتقالي ، أو أحمر قائم ، أو أسود ، أو بنى . ويرجع لون الثمار البني إلى طفرة تمنع التحلل الطبيعي للكلوروفيل عند النضج. كما تنقسم قاعدة الثمرة عادة إلى 2-4 حجرات حسب الصنف، إلا أن الفواصل لا تمتد إلى نهاية الثمرة، حيث تظهر حجرة واحدة في الطرف الزهري للثمرة. وتظهر على الثمار - من الخارج - انخفاضات تحدد موضع الفواصل الممتدة بين المساكن، وتتكتل البذور على المشيمة في قاعدة الثمرة.

إن بذرة الفلفل أكبر قليلا من بذرة الطماطم. وهي مبططه ولونها أصفر وملساء، بها انخفاض ظاهر، ويبدو فيها الحبل السري بارزا قليلا من حافة البذرة.