نشطت في عصر الإمام الباقر (عليه السَّلام) فرق دينية وسياسية عديدة كالمعتزلة والخوارج والمرجئة، وكان الإمام الباقر (عليه السَّلام) كالطود الشامخ يقف صامداً أمام عقائدهم الباطلة ونفوذها، وقد قوّض أُسسهم الفكرية خلال مناظراته مع رؤوس هذه الفرق والمذاهب وأثبت وهنها وبطلانها بأدلّة وحجج دامغة.

ومن هذه الحوارات حواره (عليه السلام) مع نافع بن الأزرق، أحد رؤساء الخوارج على سبيل المثال : روي أنّ نافع بن الأزرق جاء إلى محمد بن علي بن الحسين فجلس بين يديه يسأله عن مسائل في الحلال والحرام.

فقال له أبو جعفر في عرض كلامه : قل لهذه المارقة بما استحللتم فراق أمير المؤمنين (عليه السَّلام) وقد سفكتم دماءكم بين يديه وفي طاعته والقربة إلى اللّه تعالى بنصرته ؟! فسيقولون لك: إنّه حكّم في دين اللّه .

فقل لهم : قد حكّم اللّه تعالى في شريعة نبيّه في موردين رجلين من خلقه : قال جلّ اسمه : { فَابْعَثُوا حَكَمًا مِنْ أَهْلِهِ وَحَكَمًا مِنْ أَهْلِهَا إِنْ يُرِيدَا إِصْلَاحًا } [النساء: 35] وحكّم رسول اللّه (صلَّى الله عليه وآله) سعد بن معاذ في بني قريظة، فحكم بما أمضاه اللّه ؛ أوما علمتم أنّ أميرالمؤمنين إنّما أمر الحكمين أن يحكما بالقرآن ولا يتعدّياه واشترط ردّما خالف القرآن من أحكام الرجال، وقال حين قالوا له : حكمت على نفسك من حكم عليك فقال : ما حكّمت مخلوقاً انّما حكّمت كتاب اللّه، فأين تجد المارقة تضليل من أمر بالحكم بالقرآن، واشترط ردّ ما خالفه ولولا ارتكابهم في بدعتهم البهتان؟!

فقال نافع بن الأزرق : هذا واللّه ما طرق سمعي قط ولا خطر مني ببال، هو الحق إن شاء اللّه تعالى.