قضى الإمام موسى الكاظم(عليه السَّلام) مدّة من حياته في ظلمات السجون يُنقل من سجنٍ إلى سجن، فقد سَجَنه محمد المهديّ العبّاسي ثمّ أطلقه، وسجنه هارون العبّاسي في البصرة عند عيسى بن جعفر، ثمّ نقله إلى سجن الفضل بن الربيع في بغداد، ثمّ نقله إلى سجنٍ آخر عند الفضل بن يحيى، وآخر سجنٍ نُقل إليه إمامنا(عليه السلام) في بغداد هو سجن السندي بن شاهك (لعنة الله عليه) وكان أشدّ السجون عذاباً وظلمة، وكان لا يُعرف اللّيل من النهار فيه.
لقد تحمّل هذا الإمام الغريبُ المظلومُ المعصوم(عليه السلام) من ملوك زمانه ومن الساعين إليهم في حقّه(عليه السلام) ومن الحسّاد والفسّاق أذىً كثيراً ومصائب عظيمة، وبخاصّة منهم اللّعين محمد المهدي الذي عزم على قتل الإمام(عليه السلام) ولكنّ الله خذله حتى قتله، وبعده ابنه هارون العبّاسيّ الذي أشخص الإمام(عليه السلام) من المدينة وسجنه مرّتين.
وكان السنديّ بن شاهك شديد النَّصْب والعداوة لآل الرسول(صلّى الله عليه وآله) إلى أن أمره هارون بسمّ الإمام(عليه السلام)، فقدّم إليه عشر حبّاتٍ من الرّطب المسموم وأجبره على أكلِها، فتناولها الإمام(عليه السلام) ومرض من ذلك ثلاثة أيّام، فاستُشهِدَ بعدها مظلوماً مسموماً في السجن المظلم تحت القيود والأغلال يوم الجمعة في الخامس والعشرين من شهر رجب من سنة ثلاث وثمانين بعد المائة من الهجرة الشريفة.
وقد أخرجوا جنازته المقدّسة بالذلّ والهوان ووضعوها على جسر الرصافة ببغداد، حيث بقيت ثلاثة أيّام أسوةً بجدّه الرسول(صلّى الله عليه وآله وسلّم) وجدّه الحسين(عليه السلام)، ودُفن(عليه السلام) في الجانب الغربيّ من بغداد في المقبرة المعروفة بمقابر قريش الى جانب الكرخ من الكاظميّة -باب التين-، وهو الموضع الذي يقوم فيه اليوم ضريحُه ومزارُه.