يعتبر نظام الرقابة المالية من أهم مكونات التنظيم الإداري والمالي في جميع المؤسسات، فهو يؤمن حماية الموارد من الهدر والضياع وسوء الاستعمال من خلال توفيره بيانات مالية دقيقة وموثوق بها حيث يساهم في رفع كفاءة التشغيل مع التزام العاملين في المؤسسة بالقوانين والأنظمة والتعليمات وسياسات الإدارة العليا .
ولما كانت العتبة العلوية المقدسة وعلى مستوى العالم أجمع إحدى أهم المؤسسات والمراكز الثرية بالموجودات القيمة التي لها مكانة معنوية ومادية كبيرة فضلا عن قدسيتها في نظر المسلمين عامة وأتباع أهل البيت ( عليهم السلام) بصورة خاصة كانت مهمة إيجاد قسم من الأقسام العاملة في العتبة المقدسة له دور رقابي داخلي ضرورة حتمية مؤكدة .
وفي هذا الإطار من التوضيح يعد قسم التدقيق والرقابة الداخلية واحدا من أهم المفاصل الإدارية الموجودة في العتبة العلوية المقدسة من خلال عمله وجهود كوادره المتخصصة في توثيق وأرشفة جميع ممتلكات العتبة المقدسة ابتداءً من الأموال البسيطة إلى المشاريع الكبيرة بحيث لا يشذ عن ذلك ولو مقدار بسيد دون أن يخضع للرقابة والتمحيص والأرشفة ومن خلال هذا الموقع الأساسي وجد ( قسم التدقيق والرقابة الداخلية ) في العتبة المقدسة لينهض بأعباء هذا العمل الجليل بتصدي نخبة من خدام الأمير ( عليه السلام) لهذه المهمة الحساسة في عملية تدقيق والرقابة الداخلية ، بما يتماشى مع القوانين والأنظمة والتعليمات المعمول بها في الدولة ، ولا يتعارض مع أحكام الشريعة الإسلامية حسب قانون إدارة العتبات المقدسة والمزارات الشريفة رقم (19) لسنة 2005". 
وفي توضيح لعمل القسم ومفاصله الإدارية قال رئيس قسم التدقيق والرقابة الداخلية الحاج عون الزهيري في تصريح للمركز الإعلامي للعتبة العلوية المقدسة " لقد تم تأسيس القسم استنادا إلى قانون إدارة العتبات المقدسة والمزارات الشريفة رقم (19) لسنة 2005، ويتضمن عمل القسم حسب القانون المنصوص رسم السياسات والخطط والبرامج الإدارية والمالية والثقافية الخاصة بالعتبة المقدسة لتحقيق الأهداف المنصوص عليها القانون".
وأضاف" وعلى أساس هذا القانون اعتمدنا خطة العمل المقرة من قبل مجلس إدارة العتبة المقدسة في اللائحة الداخلية المختصة بعمل أقسام العتبة كل حسب اختصاصه مع التأكيد في هيكلية العمل بالقسم على اختيار المدقق بأن يكون بدرجة عالية من الكفاءة والإلمام بكافة الأنظمة والتعليمات الحسابية التي تمكنه من التعامل مع جميع المعاملات الحسابية وبالتالي فإن القسم لا يمكن تقسيمه إداريا إلى شعب ووحدات وفق السياقات القانونية المنصوصة على تأسيسه".
وتابع " عمل القسم يتضمن متابعة تنفيذ القرارات وضمان عدم التجاوز على الصلاحيات المالية الممنوحة من الإدارة العليا والتحقق من كل شئ يسير حسب التعليمات الصادرة  واللوائح المقرة من مجلس الإدارة مع متابعة الإيرادات ( النقدية والعينية) وجهة صرفها ومراقبة عدم تجاوز التخصيص الشرعي وصرف المواد في مواردها، مع العمل على معالجة الأخطاء والمشاكل بما يلائم الشرع الحنيف والقوانين النافذة".
وأوضح الحاج الزهيري، إن " أعمال القسم تقسم إلى محورين تدقيقيين ، الأول ( التدقيق الداخلي ، والذي قسم إلى  التدقيق المالي ، والتدقيق الإداري ، واللذان يتضمنان أعمال مالية وإدارية كل حسب اختصاصه وتعاملاته الموكلة إليه ".
وأضاف" المحوري التدقيقي الثاني يتضمن ( الرقابة الداخلية ) والتي تنقسم إلى (رقابة داخلية  مالية ) و ( رقابة داخلية إدارية ) ".
وأكد الزهيري استمرار جهود الكوادر التخصصية العاملة في القسم على العمل وبذل الجهود والطموح الوصول إلى لقب ( خدام أمير المؤمنين عليه السلام) لأنه ينبع عن مدى الرضا عن العمل المقدم والذي لن يرقى إلى الطموح أمام شخصية من تقدم في حضرته الخدمات وهو المولى أمير المؤمنين ( عليه السلام).