أخبر المأمون بأسباب ما حدث من رك امر الدولة للحسن بن سهل ولأخيه الفضل بن سهل الذي ينقل له الاخبار مشوهة غير صحيحة، وبعده من مركز حكمه، فكان ان جاء الى بغداد عام 202، وقتل الفضل بن سهل بظروف غامضة وتزوج المأمون بوران ابنة الحسن بن سهل، كما زوج ابنته ام حبيب لعلي الرضا، وابنته الثانية ام الفضل لمحمد لن علي بن موسى.

ومات علي الرضا [عليه السلام] فجأة، وهو مع المأمون، اثناء قدومه الى بغداد، وعند مرورهم بطوس فدفنه جانب ابيه الرشيد، وهو الذي صلى عليه، وكاتب الحسن بن سهل واهل بغداد بأن السبب الذي نقموا عليه قد زال بوفاة علي الرضا.

واختلف اهل بغداد ثانية وانتصر خصوم إبراهيم بن المهدي فخلعوه فأختفى، وبايعوا للمأمون، وكتب المأمون لطاهر بن الحسين ان يوافيه بالنهروان، فترك طاهر الرقة وسار اليه.

اما هرثمة بن اعين فعندما انتهى من ابي السرايا أرسل له المأمون كتابا يوليه فيه الشام او الحجاز، ولكنه أحب المسير الى المأمون فسار اليه الى مرو، وكان الفضل بن سهل قد اوغر عليه صدره فاتهمه بتحريض ابي السرايا الذي لم يكن الا أحد رجاله، وانه كان في الواقع بجانبه، فلما وصل هرثمة الى مرو وبخه المأمون وبكته ثم سجنه، وبعد أيام مات بالسجن – والله اعلم ما سبب موته.

ودخل المأمون بغداد فولى اخاه صالح بن الرشيد على البصرة وولى عبيد الله بن الحسن ببن عبيد الله بن العباس بن علي بن ابي طالب على الحرمين. وأعطى طاهر ولاية خراسان من بغداد الى اقصى مشرق الدولة الإسلامية. وولى يحيى بن معاذ الجزيرة، وعيسى بن محمد بن ابي خالد أرمينيا وأذربيجان وكلفة بمحاربة بابك الخرمي، واما مصر فكانت للسري بن الحكم. وولى طاهر بن الحسين ابنه عبد الله مكانه على الرقة وامره بقتال نصر بن شبث، وعندما مات يحيى بن معاذ عام 205 أصبح عبد الله واليا على الجزيرة.

وتوفى طاهر بن الحسين فجأة عام 207 فتولى ابنه طلحة المصر مدة سبع سنوات وقيل باسم أخيه عبد الله، وعندما توفى طلحة انتقل عبد الله الى مرو. وكان احمد بن ابي خالد يساعد طلحة في خراسان ويقوم له بالامر.

وظفر المأمون بعمه إبراهيم بن المهدي عام 209 متخفيا بلباس امرأة، كما ظفر ببعض الذين بايعوه، وتكلم الحسن بن سهل بإبراهيم فعفا عنه المأمون ولكنه قتل بعض أنصاره.

واظهر المأمون عام 212 القول بخلق القرآن، وتفضيل علي بن ابي طالب [عليه السلام] على سائر الصحابة، وقال: هو أفضل الناس بعد رسول الله (صلى الله عليه وآله). وفي عام 218 حدثت المحنة للعلماء بسبب القول بخلق القرآن وقد تعرض عدد منهم للتعذيب ومنهم الامام بن حنبل.

وبايع من بعده لاخيه المعتصم ابي إسحاق محمد بن الرشيد. وبينما هو في بلاد الروم اذ أدركته الوفاة في 25 محرم من عام 218 فدفن في طرسوس.