استشهد سنة 589. كتبها السيد صالح الشهرستاني الامام الجليل عز الدين أبو القاسم يحيى بن شرف الدين أبي الفضل محمد بن أبي القاسم علي بن عز الاسلام والمسلمينمحمد بن أبي الحسن المطهر نقيب النقباء بن ذي الحسبين علي الزكي ابن السلطان محمد شريف المدفون بقم والمكنى بأبي الفضل ابن السيد الأجل أبو القاسم علي نقيب قم ابن أبي جعفر محمد بن حمزة القمي ابن أحمد بن محمد بن إسماعيل بن محمد الأرقط بن عبد الله الباهر ابن الإمام زين العابدين علي بن الحسين ع  قال الشيخ منتجب الدين بن بابويه المتوفى سنة 585 في الفهرست:
فقد حضرت عالي مجلس سيدنا ومولانا الصدر الكبير الامام السيد الاجل الرئيس الأنور الأطهر الأشرف المرتضى المعظم عز الدولة والدين شرف الاسلام والمسلمين رضي الملوك والسلاطين ملك النقباء في العالمين اختيار الأيام افتخار الأنام قطب الدولة ركن الملة عماد الأئمة عمدة الملك سلطان العترة الطاهرة عمدة الشريعة رئيس رؤساء الشيعة، وصدر علماء العراق قدوة الأكابر معين الحق وحجة الله على الخلق ذي الشرفين كريم الطرفين نظام الحضرتين جلال الاشراف سيد أمراء السادات شرقا وغربا قوام آل رسول الله أبي القاسم يحيى بن شرف الدين محمد... أدام الله معاليه وأهلك أعاديه الذي هو ملك السادة ومنبع السعادة وكهف الأمة وسراج الملة وطود العلم والدراية وعلم الفضل والافضال ومقتدى العترة والآل وسلالة من نجل النبوة وفرع من أصل الفتوة وعضو من أعضاء الرسول وجزء من أجزاء الوصي والبتول.
وقال أيضا في حرف الياء منه: السيد الأجل المرتضى عز الدين يحيى ابن محمد بن علي بن المطهر أبو القاسم نقيب الطالبية بالعراق، عالم علم فاضل كبير عليه تدور رحى الشيعة متع الله الاسلام والمسلمين بطول بقائه وحراسة حرماته، له رواية الأحاديث عن والده المرتضى السيد شرف الدين محمد وعن مشائخه قدس الله أرواحهم.
وأشار الشيخ منتجب الدين في الفهرست: أنه ألف هذا الكتاب لأجل المترجم وورد ذكر المترجم أيضا في كل من أمل الآمل والحصون المنيعة ومما قاله صاحب الحصون المنيعة: إن المترجم لم يزل راقيا أوج السعد والاقبال ممتطيا صهوة العز والجلال حتى أصابته عين الكمال وجرى الدهر على عادته في تبديل الأحوال فختم له بالشهادة ونال من خير الدنيا والآخرة الحسنى وزيادة. وكان سبب شهادته أن الملك خوارزمشاه تكش لما استولى على الري وتلك الأطراف وقتل من بها من  الأعيان والاشراف كان الشريف المذكور ممن عرض على السيف وجرى عليه ذلك الظلموالحيف وذلك في سنة 589 وانتقل ولده إلى بغداد ومعه السيد ناصر بن مهدي الحسني وكان وروده إليها في شعبان 592 وتلقيا من الخليفة الناصر لدين الله القبول ففوضت نقابة الطالبيين ببغداد إلى السيد ناصر المذكور ثم فوضت إليه الوزارة فترك أمر النقابة إلى محمد ابن السيد عز الدين فصار نقيب الطالبيين على رسم آبائه الطاهرين ثم حج ورجع إلى بلده...
وجاء في التأسيس للسيد الصدر أن شرف الدين والد المترجم كانت له عدة بنات وما كان له ابن فلما حملت زوجته بيحيى عز الدين المترجم قال شرف الدين لها أنه رأى فيما يرى النائم رسول الله ص فقال له يا رسول الله أنه سيجئ لك نافلة فما اسميه فقال ص سمه بيحيى. فقال شرف الدين لما انتبهت علمت أن المولود سيكون ذكرا وسميته بيحيى.
قال ولما قتله خوارزمشاه تنبهت أن النبي ص إنما سماه يحيى تنبيها على أنه يستشهد كما أن يحيى كان شهيدا.
انتهى ما نقلته من المصادر الموثوقة وأضيف بان المترجم قتل تأكيدا في الري ودفن في إحدى مقابرها التي كانت تقع شمال المدينة عهدئذ أي بموقع طهران حاليا. إذ أن قبرالمترجم لا زال قائما في حي يقع جنوبي مدينة طهران على بعد خمسة كيلومترات عن الري الحالية ويعرف بمحلة امام زاده يحيى وعلى قبره قبة مخروطية وله ضريح وصحن وجامع ومصلى ومكتبة فيها آلاف الكتب من خطية ومطبوعة وامام يؤم المسلمين في صلواتهم الخمس.
وهذا الضريح يزار ويتبرك به من قبل مختلف الطبقات التي تطلب عنده الحوائج من الله تعالى، وقد جدد بناء القبة والحرم والصحن من قبل محمد رضا شاة بهلوي شاة إيرانالحالي قبل 20 سنة أي أوائل سلطنته إذ أن العمارة القديمة كانت متداعية ومائلة للانهدام لأنها كانت مبنية من الطوب ومن أبنية القرن الثامن الهجري. والبناء الجديد والقبة أقيمت على نفس النمط الهندسي لذلك القرن المندثر. ويوجد على القبر داخل الضريح صندوق صنعه عضد الدولة البويهي وأقامه على القبر كما يظهر من الكتابة المنحوتة على الصندوق.
وقد نحتت على باب مدخل الضريح وهي من الرخام زيارة بدئت بالبسملة ثم بالسلام على جدك المصطفى والسلام على أبيك المرتضى ثم السلام على بقية الأئمة الهداة... إلى أن تنتقل الزيارة إلى السلام عليك أيها الشخص الشريف السيد الكريم العالم الجليل الشهيدالنبيل عز الدين أبي القاسم يحيى من نسل الإمام زين العابدين علي بن الحسين بن علي ابن أبي طالب صلوات الله وسلامه عليك... الخ.
ويظهر من بعض الكتابات الأخرى على جدران الضريح من الخارج أن شخصا جليلا آخر قد دفن جنب قبر المترجم يدعى محمد من أحفاد الأئمة الاطهار ولا يعلم بالتحقيق من هو محمد هذا إذ من المتيقن أنه ليس ابن المترجم الذي انتقل إلى بغداد بعد استشهاد أبيه. وقد يكون والد المترجم وكان يدعى محمدا والله أعلم.
كما يستدل من شجرتي الجنار الضخمتين الهرمتين الواقعتين في الزقاق أمام باب صحن هذا المرقد بان قدم هذا الحي الذي يحتمل قويا أن يكون في الأصل مقبرة للري، يوازي قدم مدينة الري نفسها لأن عمر الشجرتين يقدر بحوالي ألف سنة.