بعدما أعلن الخوارج تمرّدهم على حكومة الإمام (عليه السّلام) ، ورفعوا شعارهم ( لا حكم إلاّ لله ) ، ولكنّه لم يعد في جميع تصرفاتهم وشؤونهم ظلاً وواقعاً لهذا الشعار ؛ فقد كان شعارهم الحقيقي لا حكم إلاّ للسيف والفساد . 
ولمّا أراد الإمام (عليه السّلام) الخروج إلى محاربة معاوية ، وعبّأ أصحابه وجنوده لذلك ، أشار عليه بعض أصحابه بمناجزة الخوارج ؛ فإنّ خطرهم أعظم من خطر معاوية ، وإنّهم إذا نزحوا من الكوفة يُحدثون القتل والدمار فيها . 
فاستصوب الإمام (عليه السّلام) رأيهم ، وتحرّكت قوات الإمام لقتالهم ، وقبل أن تندلع نار الحرب وجّه الإمام (عليه السّلام) إليهم الحارث بن مرّة يطلب منهم قتلة عبد الله بن خباب ليقتصّ منهم ، فأجابوا جميعاً : إنّا كلّنا قتلناهم ، وكلّنا مستحلّ لدمائكم ودمائهم . 
وأقبل الإمام (عليه السّلام) بنفسه فوجّه لهم خطاباً رائعاً يدعوهم فيه إلى الطاعة ورفض التمرّد ، فلم يفهموا خطاب الإمام ونصيحته ، وطلبوا منه أن يشهد على نفسه بالكفر ويتوب إلى الله تعالى على قبوله للتحكيم ، فامتنع الإمام من إجابتهم ؛ فإنّه لم يقترف أيّ ذنب في أمر التحكيم ، وإنّما هم أرغموه على ذلك . 
ولمّا يئس الإمام (عليه السّلام) من إرجاعهم إلى الحقّ عبّأ جنوده لحربهم ، وفعل الخوارج مثل ذلك ، وهتف بعضهم : هل من رائح إلى الجنّة ؟ 
فأجابوه جميعاً : الرواح إلى الجنّة ، وهم يهتفون بشعارهم ( لا حكم إلاّ لله ) ، وحملوا حملة منكرة على جيش الإمام ، وما هي إلاّ ساعة حتّى قُتلوا عن آخرهم ، ولم يفلت منهم إلاّ تسعة ، وبذلك فقد انتهت حرب النهروان ، وقد أعقبت هي وحرب صفّين تمرّد الجيش العراقي ؛ فقد مُني بالتمرّد والانحلال والسئم من الحرب ، وأصبح الإمام (عليه السّلام) يدعوهم فلا يستجيبون له ، كما فقد الإمام في هذين الحربين أعلام أصحابه وخيارهم الذين يعتمد على إخلاصهم وتفانيهم في الولاء له . 
وعلى أيّ حال ، فقد رجع الجيش من النهروان إلى الكوفة ، وجبن عن ملاقاة معاوية ، وأخذ الإمام (عليه السّلام) يدعوهم إلى حربه فامتنعوا من إجابته .