أقام معهد الإمام علي(عليه السلام) للدراسات القرآنية عددا من الدورات المختصة في علوم القرآن الكريم, لإعداد أساتذة علوم القرآن, في التفسير وأحكام التلاوة, والرسم القرآني, وعلم التجويد, فضلا عن الدورات القصيرة التي يقيمها قسم التعليم المستمر والتي لا تتجاوز فترة ستين يوماً.
وقال المعاون الإداري لمعهد الإمام علي(عليه السلام) للدراسات القرآنية الشيخ محمد فخر الدين في تصريح خاص للمركز الإعلامي للعتبة العلوية المقدسة, ان" مدة الدراسة في المعهد سنتين يخضع الطالب فيها لجدول دراسي ممنهج, وهنالك شروط وضوابط محددة لقبول الطلبة في المعهد, ومنها أن يكون الطالب الحوزوي قد أنهى مرحلة المقدمات ودخل إلى مرحلة السطوح", مبينا ان " الطالب يخضع لاختبارات عدة وضعت من قبل لجنة مختصة للتقييم والقبول, وبعد إنهاء الطالب الفترة الدراسية المقررة يتم منحه شهادة اجتياز يحق له من خلالها مزاولة تعليم أحكام القرآن والتفسير والتلاوة وبحسب الاختصاص".

وأضاف, ان"المعهد منذ افتتاحه أقام دورات عدة منها:" دورة إعداد الأساتذة وتخرج منها قرابة خمسين طالبا ودورة أحكام التلاوة وتخرج منها قرابة سبعين طالبا", منوها ان" قسم التعليم المستمر التابع إلى المعهد أقام دورة بعنوان (البحث القرآني أنموذجا) ودورة أخرى بعنوان (التوحيد في نهج البلاغة), مشيرا الى مشاركة أكثر من ثلاثين طالبا في هذه الدورة", لافتاً إلى ان" دورات التعليم المستمر غير مرتبطة بالمنهج الدراسي الذي وضعه المعهد وهي دورات لا تتجاوز فترتها من شهر إلى شهرين كأقصى حد".

وأشار أن "المعهد يتكون من ثلاثة أقسام, قسم علوم القرآن وتدرس فيه العلوم القرآنية: (التفسير والنقد التفسيري وأحكام التلاوة ومعاني القرآن وجميع العلوم المتعلقة بعلوم القرآن), وقسم القراءة يختص بدراسة علوم قراءة القرآن الكريم: من أحكام التلاوة والرسم القرآني وعلوم التجويد القرآني فضلا عن مادة علوم القرآن, وقسم التعليم المستمر يختص بإقامة دورات وقتية والتي تتراوح فترة إقامتها من شهر واحد إلى شهرين وبحسب البرنامج المعد لذلك.

وبين فخر الدين ان لإدارة المعهد رؤية بافتتاح قسم خاص بعلوم نهج البلاغة والصحيفة السجادية وقسم علوم الحديث الشريف, مشيرا ان المعهد ويحتوي على مكتبة مختصة بكتب العلوم القرآنية وكذلك وجود قسم إعلام خاص بالمعهد يقوم بتوثيق وحفظ المحاضرات والندوات والمؤتمرات التي يقيمها المعهد".