كان من أقسى وأفجع ما امتحن به الإمام (عليه السلام) تمرّد الخوارج وعصيانهم المسلّح في وقت كتب للعالم الإسلامي تقرير مصيره وفتح آفاق مشرقة له فقد أشرف جيش الإمام (عليه السلام) على الفتح وبدت طلائع النصر واضحة ولم يبق إلاّ مقدار فواق ناقة للاستيلاء على خصم الإسلام وعدوّه الألدّ معاوية بن أبي سفيان ففي تلك الفترات الحاسمة رفع جيش معاوية المصاحف على الرماح داعين إلى تحكيم القرآن مكيدة منهم وممّا لا ريب فيه أنّ معاوية لم يؤمن بالقرآن ولا بالرسول وإنّما هو على جاهليّته الاولى التي آمن بها وعلى أي حال فقد خدع بدعوة التحكيم فرقة من أقوى الفرق في جيش الإمام وأحاطوا به من كلّ جانب وهم يهتفون بالتحكيم ويدعون إلى إيقاف القتال وإلاّ ناجزوه الحرب فاضطرّ إلى إجابتهم ولم يجد بدّا من مسايرتهم فقد مني بانقلاب عسكري لا طاقة له بمقاومته وحدثت بعد ذلك شئون مروعة تركت الإمام الممتحن في أرباض الكوفة يدعو جيشه فلا يستجيب له ولا يلتفت إليه وقد دعا (عليه السلام) على هذه الفرقة الضالّة بهذا الدعاء : اللهمّ ربّ البيت المعمور والسّقف المرفوع والبحر المسجور والكتاب المسطور أسألك الظّفر على هؤلاء الّذين نبذوا كتابك وراء ظهورهم وفارقوا أمّة أحمد (عليه السلام) عتوّا عليك .

وللإمام (عليه السلام) دعاء آخر على الخوارج رواه الإمام الصادق (عليه السلام) وهذا نصّه : اللهمّ إنّك أعلنت سبيلا من سبلك فجعلت فيه رضاك وندبت إليه أولياءك وجعلته أشرف سبلك عندك ثوابا وأكرمها لديك مآبا وأحبّها إليك مسلكا ثمّ اشتريت فيه من المؤمنين أنفسهم وأموالهم بأنّ لهم الجنّة يقاتلون في سبيلك فيقتلون ويقتلون وعدا عليك حقّا فاجعلني ممّن اشترى فيه منك نفسه ثمّ وفى ببيعك الّذي بايعك عليه غير ناكث ولا ناقض عهدا ولا مبدّل تبديلا إلاّ استنجازا لموعودك واستيجابا لمحبّتك وتقرّبا به إليك فصلّ على محمّد وآله واجعله خاتمة عملي وارزقني فيه لك وبك مشهدا توجب لي به الرّضا وتحطّ عنّي به الخطايا واجعلني في الأحياء المرزوقين بأيدي العداة العصاة تحت لواء الحقّ وراية الهدى ماض على نصرتهم قدما غير مولّ دبرا ولا محدث شكّا وأعوذ بك عند ذلك من الذّنب المحبط للأعمال .

وتجلّى في هذا الدعاء مدى إخلاص الإمام (عليه السلام) للحقّ وتفانيه في طلب مرضاة الله تعالى كما تجلّت فيه روعة البيان وجمال التعبير وجودة السبك .