يساعد الانزيم في تحلل الاصرة الفوسفاتية ثنائية الاستر في الحامض النووي الرايبوزي وذلك بتحويل مجموعة الفوسفيت من الموقع الخامس الذي يعود لأحدى النيوكليوتيدات الى الموقع الثالث للنيوكلوتيد المجاور في السلسلة وتساهم الاحماض الامينية المستدين في الموقع 12 وفي الموقع 119 في تحفيز الانزيم وهما توجدان في الموقع الفعال للأنزيم حيث تكون متباينتين احدهما تعطي بروتون والأخرى تأخذ بروتون كما ان للحامض الأميني اللايسين دوراً مهماً في تحفيز الانزيم ايضا وتشير دراسات الشكل ثلاثي الابعاد للأنزيم وجود هذه الاحماض الامينية الثلاثية بصورة متقاربه مع بعضها البعض الآخر في الشق الخاص لربط المادة الاساس الانزيم يحفز التحلل المائي لآصرة الفوسفيت استر في ذرة الكربون الخامسة في الحامض النووي الرايبوزي الذي فيه مجموعة الفوسفيت ترتبط الى ذرة الكربون الثالثة من البيرميدين نيو كلوتيد مثل السايتدين او اليوردين واستمرار عمل الانزيم يؤدي الى تكوين جزيئات أو اقسام ماعدا القطع الطرفية تحمل مجاميع هيدروكسيلية حرة في الموقع الخامس ومجموعة فوسفيت استر في الموقع الثالث ويتم تحلل جزء من سلسلة الحامض النووي الرايبوزي، ففي احد مقترحات الآلية التحفيزية للأنزيم تعمل مجاميع الاميدازول في هستدين السلسلة الجانبية كحامض - قاعدة عامة وتستعمل مجموعة الامونيوم للايسين في السلسلة الجانبية لربط المادة الاساس السلبة الشحنه في مجموعة الفوسفيت ثم تعمل مجموعة الهيدروكسيل كنواة نيكلوفيلية والصفة النيكليوفيلية تعود الى مجموعة الاميدازول القاعدية وفي هذه الآلية التحفيزية يرتبط الحامض النووي الرايبوزي في شق الانزيم مع مجموعة البيرميدين في موقع خاص ويحجز في الموقع بواسطة اصرتين هيدروجين تتضمن الاحماض الأمينية اللايسين والمستدين اللذان تحملان شحنه سالبة فتجذب تلك المجاميع للالكترونات حيث يوجد قرب الفسفور مجموعة هيدروكسيل تعود الى الرايبوز في المادة الاساس مجموعة الهيدروكسيل تكون اكثر نيكلوفيلية من خلال اصرة الهيدروجين مع الشكل القاعدي للحامض الاميني الاخر الهستدين، مجموعة الفسفور تعطي الالكتروفيلية بينما تعطي مجموعة الهيدروكسيل النيكلوفيلية مما يساعد ذلك على تكوين اصرة بينهما حيث يتم سحب البروتون بواسطة المستدين في الموقع 12 والذي يعمل كقاعدة عامه مما يؤدي ذلك الى تكوين 3,2 فوسفو ثنائي استر حلقي الذي يملك شحنتين سالبتين مما يسهل ذلك من تکوین اصرة اوكسجين فسفور الذي تحول البروتون في المستدين في الموقع 119 الذي يعمل كحامض عام احد نهايتي المادة الاساس تحمل مجموعة هيدروكسيل حر في الموقع الخامس الذي تغادر الانزيم الجزء المتبقي من المادة الاساس لا يزال موجود بشكل 32 فوسفو ثنائي استر حلقي يحجز بسبب شحنته السالبه الى الحامض الاميني اللايسين المجاور، حيث يتم تكوين واعادة تركيب المركب الوسطي غير الثابت)  3,2 فوسفو ثنائي استر حلقي( ويتم دخول الماء وفي هذه الحالة تحل مجموعة الهيدروكسيل للماء محل مجموعة الهيدروكسيل على جزئ الحامض النووي الرايبوزي مما يحول ذلك الهستدين في الموقع 119 من حامض عام الى قاعدة عامه مما يؤدي ذلك الى سحب بروتون من الماء ويترك مجموعة الهيدروكسيل في المركب الوسطي خماسي التكافؤ الجديد، فالهستدين في الموقع 12 الذي كان قاعدة عامه يعمل الان كحامض عام مما يهب بروتون الى اصرة الفسفور - الاوكسجين في المركب الوسطي مما يتحول المتبقي من الحامض النووي الرايبوزي الى شكل ثابت يتفاعل مع جزيئة اخرى من الحامض النووي الرايبوزي وقد اقترح رابين Rabin واخرون عام 1962 الية تحفيز الانزيم الذي فيها يعمل الحامض الاميني المستدين في الموقع 12 على ازالة بروتون من المادة الاساس لما ينتج عن ذلك اوكسجين نيكليوفيلي الذي يهاجم الفوسفيت بالمقابل يعطي الحامض الاميني الهستدين في الموقع 119 بروتون الى المركب المعقد مما يحرر الناتج الاول R₂-OH حيث تحل جزيئة ماء محل R₂-OH ويساعد الحامض الاميني الاليسين في استقراريه المركب المعقد بسبب التداخلات الالكتروستاتيكية مع الشحنه السالبه للفوسفيت.