1. تنشيط الإنزيمات بواسطة الأيونات المعدنية الموجبة القلوية أحادية الشحنة: يحصل ارتباط ضعيف للأيونات المعدنية القلوية الأحادية الشحنة الموجبة مثل أيونات البوتاسيوم والصوديوم لتكوين مركبات معقدة مع الإنزيمات ويعتبر أيون البوتاسيوم من أكثر الأيونات الموجبة انتشارا داخل الخلية والذي يعمل على تنشيط العديد من الإنزيمات وخاصة تلك الإنزيمات التي تساعد في نقل مجاميع الفوسفيت أو تفاعلات الطرد أو الإبعاد حيث يرتبط أيون البوتاسيوم مع المجاميع ذات الشحنة السالبة على الصيغة غير الفعالة للإنزيم مما يحدث الارتباط تغير في الصيغة غير الفعالة إلى الصيغة الأكثر فعالية للإنزيم مثل pyruvate kinase الموجود في العضلات الذي يحتوي أربع وحدات فرعية فان الإنزيم يحتاج إلى أيون معدني أحادى الشحنة الموحية بالإضافة إلى ذلك يحتاج أيونات المنغنيز أو المغنيسيوم والذي ترتبط جميعا في الموقع الفعال للإنزيم حيث يرتبط إلى الإنزيم المرتبط مع أيون البوتاسيوم مجموعة الكربوكسيل للفوسفواينول بايروفيت PEP ما يسبب ذلك تغيرا في التركيب البنائي للإنزيم مما يسهل ذلك في زيادة سرعة التفاعل نحو الأمام عند تكوين معقد PEP- En-Mn⁺².

2. تنشيط الإنزيمات بواسطة الأيونات الموحية القلوية ثنائية الشحنة: تساهم ذرات الأوكسجين في أواصر الأيونات المعدنية القلوية ثنائية الشحنة الموجبة مثل أيونات الكالسيوم والمغنيسيوم في تكوين أواصر تناسقية مما يؤدي ذلك إلى تكوين مركبات معقدة لماني الأوجه يطلق عليها octahedral وتتجمع أيونات المغنيسيوم داخل الخلايا التي تبادها مع أيونات الكالسيوم الموجودة خارج الخلايا وذلك لان الإنزيمات التي تحتاج أيونات الكالسيوم لنشاطها غالبا ما توجد خارج الخلايا مثل amylase اللعاب والبنكرياس حيث يحافظ أيون الكالسيوم على التركيب البنائي اللازم لنشاط الإنزيم وهناك العديد من الإنزيمات الموجودة داخل الخلايا وتحتاج إلى أيونات وتشير الدراسات التي أجريت إلى وجود جميع الأنواع المختلفة من المركبات المعقدة الثلاثية التي تساهم فيها الأيونات الموجبة ثنائية الشحنة حيث تكون معظم إنزيمات kinases معقدات من نوع M-N-En حيث أن N هي نيو كلوتيدات متفاعلة.

Creatine + Mg-ATP→ Mg-ADP + phosphocreatine + H⁺ أن المادة الأساس الحقيقية للإنزيم هي MB-ATP ويحصل التفاعل نتيجة تكوين محقد Mg-ATP-En-creatine حيث أن الأيونات الموجبة ثنائية الشحنة يرتبط مع ألفا - فوسفيت أو بيتا - فوسفيت للنيوكليوتيدات ولا يرتبط مع كاما - فوسفيت التي تنتقل إلى الكرياتين حيث يعمل الأيون الموجب في التوجيه الصحيح للمركب المعقد وقد يساعد في تحطيم آصرة بيروفوسفيت عن طريق سحب الإلكترونات من بيتا - فوسفيت والتفاعل الكلي آلية حركية من نوع توازن سريع مرتب عشوائيا مع تكوين معقد ذات طريق مسدود، Creatine -En-ADP-Mn و يشمل التفاعل الذي يساعد فيه pyruvate kinase على تكوين مركب معقد حلقي يشترك فيه الأيون المعدني

ومن الأمثلة الأخرى للتفاعل الذي يساهم فيه إنزيم enolase هو

Phosphoenolpyruvate +H2O↔2-phosphoglycerate يتكون إنزيم enolase من وحدتين فرعيتين لذلك هناك حاجة إلى ايونين من المغنيسيوم لجعل الجزيئة ثنائية السلسلة الببتيدية فعالة ومستقرة بالإضافة إلى ذلك هناك حاجة إلى ايونين من المغنيسيوم لكل موقع فعال يكون في حالة ارتباط للمادة الأساس به وتشير الدراسات بان الأيونات الموجبة المرتبطة مع الإنزيم ها القدرة أن ترتبط مع جزيئة ماء لتكوين مجموعة هيدروكسيل من نوع تناسقي لها القدرة على مهاجمة PEP.

وهناك القليل من الإنزيمات مثل glutamine synthetase لبكتريا القولون التي ها آلية تتضمن تكوين مركب معقد مرتبط بجسر مع الإنزيم وهذا ما يجعل للأيون الموجب ثنائي الشحنة دور تركيبي متخصص.

.3 تنشيط الإنزيمات بواسطة انتقال الأيونات المعدنية النادرة ترتبط أيونات المعادن النادرة مثل النحاس، الزنك، المولبيدنم ، الحديد والكوبالت الانتقالية مع الإنزيمات بقوة أكبر مقارنة مع الأيونات المعدنية أحادية أو ثنائية الشحنة الموجبة وهذه غالبا ما تكون الإنزيمات المعدنية وهذه الإنزيمات تلعب دوراً مهماً في المرافقات الإنزيية وهي توجد بكميات قليلة في الكائنات الحية لان للكميات الكبيرة من العناصر النادرة تأثير سمي على الإنزيمات ويحتوي nitric oxidoreductase على أيونات الحديد والمولبيدنم النادرين وهو من الإنزيمات الذي توجد في المركب المعقد الذي ينشط النتروجين للبكتريا المثبتة له أما الحديد فهو أحد مكونات الهيموكلوبين والكوبالت في فيتامين B₁₂ و  super oxide dismutaseالذي يحتوي على النحاس الذي يساعد على نزع OO^- الفعال جدا بواسطة أكسدة الزانتين بواسطة الأوكسجين الجزيئي عند وجود. xanthine oxidase

ويتكون super oxide dismutase في خلايا الدم الحمراء للأبقار من وحدتين فرعيتين تحتويان على ايونين من النحاس وإيونين من الزنك فان لأيونات النحاس دوراً ووظيفة تركيبية مهمة بينما تشارك أيونات النحاس في التفاعل الكيمياوي.

كما يكون لأيونات الزنك دورا مساعدا في التفاعل الكيمياوي لإنزيم

carboxy peptidase A الذي يعمل على إزالة الحامض الأميني الحاوي على مجموعة كربوكسيل حرة في الطرف الأميني الكربوكسيلي بشرط أن يكون الحامض الأميني ذو سلسلة طرفية لا قطبية فالإنزيم carboxy peptidase A الذي مصدرة البنكرياس في الأبقار يتكون من سلسله ببتيدية واحده ويملك ذرة زنك واحدة ويحتوي الموقع الفعال على أيون الزنك المرتبط بالحامض الأميني المستدين في الموقع 69 والكلوتاميك في الموقع 72 والهستدين في الموقع 196 وجزيئه ماء كما يحتوي الموقع الفعال على شق ضيق طويل لدخول المادة الأساس وعلى جيب لربط السلسلة الطرفية للحامض الأميني الحاوي على المجموعة الكربوكسيلية الحرة حيث يحصل تجاذب الكتروستاتيكي بين المجموعة الكربوكسيلية الطرفية وبين الارجنين في الموقع 142 أثناء التفاعل ويحل الأوكسجين الكربونيلي الذي يعود للآصرة الببتيدية المتحللة محل جزيئات الماء الذي تكون مرتبطة مع الزنك وبسهل الأيون المعدني على تحلل الآصرة الببتيدية عن طريق سحب الإلكترونات من مجموعة الكربونيل وان التايروسين في الموقع 248 يقع في موقع في المركب المعقد بين الإنزيم والمادة الأساس بحيث يسهل من إعطاء بروتون إلى نتروجين الآصرة الببتيدية المتحللة وتشير الدراسات بأن المجموعة الكربوكسيلية الذي تعود للحامض الأميني Glu في الموقع 270 تعمل كقاعدة مساعدة لجعل جزيئة الماء المهاجمة باحثه عن النواة وان ارتباط المادة الأساس بالإنزيم يؤدي إلى تحريك كم من Arg في الموقع 145 و Glu في الموقع 270 والتايروسين في الموقع 248 إلى مواقع جديدة قريبة من المادة الأساس مما يؤدي ذلك إلى طرد جزيئة الماء من الموقع الفعال مما تخلق ظروف محبه للماء مما يجعل المادة الأساس ترتبط بالموقع الفعال بقوة مما يسبب ذلك من حدوث تغيرات في التركيب البنائي مما يسمح للمادة الأساس أن تدخل إلى الموقع الفعال.