اختلفت الإسكندرية في أثناء حكم كليوباترا السابعة تمامًا عما كانت عليه في عهد حكام البطالمة الأوائل. يقول الجغرافي سترابو، الذي زار المدينة بعد وفاة كليوباترا مباشرةً، إن حدودها توسعت نحو الشرق. يعجز الباحثون في العصر الحالي عن أن يفهموا بالكامل مدى هذا التوسع؛ فلا بد أن معبد إيزيس، الذي يرجع تاريخه إلى عهد كليوباترا، كان موجودًا في موقع رئيسي. ولا بد أن بناءه كان يمثل أكبر مشروع بناء على الإطلاق في فترة حكم الملكة، وعلى عكس كثير من المعابد الأخرى الأبعد جهة الجنوب، يبدو أن معبد إيزيس في الإسكندرية بدأ يُستخدم في أثناء حكمها واستمر استخدامه طوال فترة حكم الرومان. يُعتبر الجزآن العُلويان المتبقيان من التمثال المزدوج الضخم لكليوباترا وابنها الذي أ أُهدي في الموقع، دليلًا على مدى ضخامة للبناء. إن تمثال كليوباترا في صورة إيزيس هو أحد التماثيل المميزة الباقية من فترة حكمها. كان هذا المعبد مختلفًا تماما عن المعبد المخصص ليوليوس قيصر، القيصروم، الذي يقع بالقرب من وسط العاصمة البطلمية القديمة. بدأ العمل في معبد يوليوس قيصر في عهد كليوباترا السابعة لكنها تركته غير مكتمل وقت وفاتها. اهتم أغسطس، الذي اختاره القيصر ليكون خليفة له، تلقائيا باستكمال المشروع. وبفضل الوصف المفصَّل للمعبد في منتصف القرن الأول قبل الميلاد، وأعمال التنقيب في الموقع في عامي 1992 و1993، أصبحنا نعرف قدرًا كبيرًا من المعلومات حول الشكل النهائي لهذا المعبد (أمبرور 2002 123-112). وقبل أعمال أغسطس البنائية، كان المعبد المهدى إلى يوليوس قيصر المؤله يضم مقامًا أو مذبحًا مخصصًا لمارك أنطونيو (أمبرور 2002 :112). وصف فيلون السكندري هذا المعبد الروماني كالتالي: لا توجد في أي مكان آخر ساحة مثل التي يُطلق عليها السباستيوم، وهو عبارة عن معبد للقيصر (أغسطس)، راعي البحارة، يوجد على مكان مرتفع من الأرض في مواجهة المرافئ ... يتكون من فناء ضخم مزين بأروقة معمدة ومكتبات وقاعات لإقامة الولائم وبساتين وبوابات على الطراز الإغريقي ومحاكم واسعة وغرف مفتوحة.» جلب أغسطس أيضًا مسلتين من هليوبوليس، من معبد مهجور يقع بالقرب من مطار القاهرة الحديث (هاباتشي 1987: 182-152)، تُعرف حاليًّا باسم مسلات كليوباترا. توجد حاليا المسلات التي تعود إلى عهد تحتمس الثالث على ضفاف نهر التيمز في لندن وفي حديقة سنترال بارك في نيويورك. تشير أعمال التنقيب (أمبرور 2002 :117-115) إلى أن المعبد ظل يستخدم كدار للعبادة مخصصة للديانة الملكية في أواخر القرن الثاني الميلادي. وفي القرن الرابع الميلادي أصبح موقعًا لكاتدرائية مسيحية (أمبرور 2002: 116-117). ربما ما زال في وسع هذا الموقع الضخم منحنا المزيد من المعلومات حول وقت تطوير وهدم المباني الموجودة في هذه المنطقة من المدينة وكيفية حدوث ذلك. ذكر سترابو أن القصور الملكية كانت توجد على طول شاطئ البحر، على الأرجح لأن هذا كان الموقع الأفضل في المدينة، لا سيما في ظل الرطوبة التي يتسم بها فصل الصيف في الإسكندرية. إن موقع الكورنيش الحديث حاليا على الواجهة البحرية لا يمت بصلة لموقع الشاطئ أثناء حكم البطالمة، فحاليًّا توجد قصور البطالمة تحت سطح البحر وتحت الكتل الإسمنتية الضخمة التي وضعت لتعمل كحواجز للأمواج. في عام 1995 أُعلن عن اكتشاف فريق من علماء الآثار الغارقة لقصور كليوباترا. وقد استنتجوا هذا عقب التعرف على تمثالين لأبي الهول من الجرانيت يُقال إنهما كانا يحملان ملامح وجه والد كليوباترا (تحرير جوديو وكلاوس :2006 56 كيس :1998: 169-188). عُثر على تمثالي أبي الهول هذين مع تمثال لكاهن روماني يحمل تمثالا للإله أوزوريس-كانوبوس. وكما أشار الإعلان الأول عن هذه القطعة بالذات، فإن هذا النوع من التماثيل لم يُصنع إلا في العصر الروماني (دونو 1998: 194-189). كذلك أرى أن الأدلة على هوية تمثالي أبي الهول هذين ضعيفة للغاية؛ فإن ملامح وجههما أقرب للشبه بالشكل العام لأبي الهول الذي ظهر في أوائل عصر الرومان (أشتون 2002ب)، ولا يشبه ملامح الوجه المميزة لوالد كليوباترا. كما أن تحديد تاريخ مجمع المباني هذا لا بد أن يتسم بمزيد من الحرص؛ فإن الأدلة تشير إلى أن هذه البقايا المادية يرجع تاريخها إلى أوائل عهد الرومان أكثر من انتمائها إلى عصر كليوباترا السابعة بالذات كما أُشير. لقد خصص قيصر نفسه قبرًا، لبومباي، القائد الروماني الذي قتل على يد بطليموس الثالث عشر والذي قدم رأسه إلى قيصر، عقب نزوله إلى الإسكندرية مباشرةً عام 48 قبل الميلاد. لكن بحلول زيارة الإمبراطور هادريان إلى العاصمة المصرية عام 130 قبل الميلاد كان هذا القبر قد تهدم. وقد أمر هادريان بترميمه وأعاد افتتاحه.