مارس الإمام الخامس خلال مدة إمامته وفي تلك الظروف العصيبة بثّ المعارف والعلوم الإلهية وحلّ المعضلات العلمية وأحدث حركة علمية عظيمة مهدت لتأسيس جامعة إسلامية ضخمة بلغت ذروتها في فترة إمامة ابنه الكريم الإمام الصادق (عليه السَّلام) ، فقد كان الإمام الخامس أبرز وجهاء بني هاشم في العلم والزهد والفضل وعلو المنزلة، وقد اعترف العدو والصديق بمنزلته العلمية والأخلاقية الكبيرة، ولم يخلف أحد من أبناء الإمام الحسن والإمام الحسين (عليمها السَّلام) إلى ذلك الحين بقدر ما خلّفه الإمام الباقر من الروايات في مجال الأحكام الإسلامية والتفسير و تاريخ الإسلام والمعارف الأُخرى.

وقد أفاد رجال وشخصيات علمية كبيرة وأيضاً بعض من أصحاب الرسول الذين كانوا على قيد الحياة من نمير علومه، منهم : جابر بن يزيد الجعفي وكيسان السجستاني من التابعين وفقهاء أمثال : ابن المبارك، الزهري، الأوزاعي، أبو حنيفة، مالك، الشافعي، وزياد بن منذر النهدي كلّهم قد أفادوا من معارفه ونقلوا أحاديثه بشكل مباشر تارة وبغير مباشر مرة أُخرى وانّ كتب ومؤلفات علماء أهل السنّة ومؤرّخيهم مثل :الطبري، البلاذري، السلامي، الخطيب البغدادي، أبو نعيم الاصفهاني وكتب مثل موطأ مالك، سنن أبي داود، مسند أبي حنيفة، مسند المروزي، تفسير النقاش، تفسير الزمخشري والعشرات من أمثالها التي هي من أهمّ كتب أهل السنّة مليئة بأحاديث الإمام الخامس العميقة فيقولون :قال محمد بن علي، أو قال محمد الباقر.

وقد امتلأت كتب الشيعة أيضاً من أحاديث وكلمات الإمام الباقر (عليه السَّلام) ، ويقرّ بذلك كلّ من له أدنى معرفة بتلك الكتب.