1. ضعف الموارد المادية للمواقع الاخبارية الصحفية وبالأخص المستقلة والتي ترغب في المنافسة ولا تجد المال الكافي من اجل القدرة التشغيلية ، إضافة إلى ان الشركات التجارية من القطاع الخاص عموماً لم يؤمن بعد بإمكانية الاعلان على المواقع الاخبارية وان فعلت بعض الجهات ذلك فأنها تدفع مبالغ ضئيلة لإعلانات تظل فترة طويلة في الموقع المعين وأحياناً يكون تصميمها ثقيلاً وتؤثر على تصفح الموقع وإذا ما تمت مقارنة قيمة الاعلان في اي موقع ولنقل انه 2000$ لمدة عام في الموقع الاخباري فإن نفس المعلن يمكنه ان يدفع نفس المبلغ بطيب خاطر مقابل اعلان صفحة واحدة ملونة او ريبورتاج اعلاني او (مجاملة) بتعزية او تهيئة لمسئول ما في الدولة وليوم واحد فقط قبل ان تذهب الصحيفة.

2- غياب الانظمة المنظمة للعمل، وكذلك ضعف الرقابة : وفي هذا السياق ، تبرز ايضاً قضية التشريعات الصحافية التي تتحكم في عمل في الصحافة الالكترونية ، وحاضراً ما زالت معظم الدول العربية تطبق قوانين المطبوعات الورقية على المواقع الالكترونية ، وثمة من يرى ان اتساع ساحة النشر والتوزيع الكترونياً ، يخلق حاجة لتشريعات مختلفة نوعياً بصددها .

3-المنافسة الشديدة على الانترنت وبروز دور المواقع الاعلامية الشخصية او الشعبية ، ومواقع التواصل الاجتماعي على المستوى الشعبي ، تشكل المنتديات الاخبارية والسياسية بيئة هامة للمنافسة ، خاصة التي تتمتع بشهرة واسعة وكبيرة . أما على المستوى الفردي ، فهناك المدونات الشخصية ، التي يصل عدد زوار بعضها في اليوم الواحد ، إلى أكثر من 250 ألف. كالمدونات المشهورة ، وبعض المواقع الشخصية الناجحة .

4- غياب التخطيط نوعاً ما وعدم وضوح الرؤية المستقبلية لها.

5- عدم توافر الإمكانيات التقنية في الدول النامية والفقيرة .

6- كثرة وتعدد المهارات التي يحتاجها الصحفي والقارئ ، إلى جانب كثرة الاعباء التي تقع على عاتق الصحفي الالكتروني.

7- تحديث البرامج التعليمية والإعداد : فقد فرضت تحديات الصحافة الالكترونية نفسها على المؤسسات التعليمية والبحثية المختلفة ، حيث عملت هذه الهيئات المؤسسات البحثية والتعليمية تطويع برامجها ومناهجها المتعلقة بالصحافة عموماً وإدخال برامج ومناهج مستحدثة استجابة للتغيير الكبير الذي احدثته الصحافة الالكترونية واسلوبها في العمل ، فظهرت في المجتمع الاكاديمي التعليمي مناهج دراسية عديدة متخصصة في الصحافة الالكترونية ، تجسد تحولاً كبيراً في الفكر التعليمي وفي المهارات التي يفترض ان يحصل عليها دارسو الصحافة بهذه المعاهد والكليات ، حتى أًصبحت المناهج والدورات التدريبية خليطاً مما يدرسه طالب الاعلام والصحافة وطالب الهندسة وطالب الحاسبات وتكنولوجيا المعلومات والبرمجيات.

8- لعل التحدث الاكبر امام مهنة الصحافة الالكترونية – كما يقول د. محمود خليل  أستاذ الصحافة بكلية الاعلام جامعة القاهرة – هو انها غير معترف بها من قبل

الدولة مما يجعلها في موقع لا محل له من الاعراب بالنسبة للقوانين والتشريعات بفقد الهوية القانونية داخل المؤسسات التي يتعامل معها، كما تفقد الصحيفة الالكترونية هويتها ايضاً بسبب عدم وجود قانون وتشريع لها مما يعرضها لغلق موقعها الصحفي ومداهمته ومصادره اجهزته او حجب الموقع عن المتلقي.