نمذجة التشابه Homology Modeling

طريقة او عملية الحدس او التنبؤ بالتراكيب البروتينية على وجه الخصوص تعتمد على تماثل التواليات للتراكيب المعروفة وتعرف أيضا" بطريقة النمذجة المقارنة Comparative Modeling ، وتعتمد الطريقة على توفر المعلومات عن التراكيب الموجودة في قواعد البيانات . فبداية يتم إنشاء موديل للذرات اعتمادا" على التراكيب المحددة بالتجارب التي تكون ذو علاقة وثيقة بالتوالي . والافتراض وراء هذه الطريقة هو ان البروتينان اللذان يشتركان بنسبة عالية من تماثل التواليات فأن هناك احتمال كبير ان يكون لهما تركيب ثلاثي الأبعاد متشابه بشكل كبير ، واذا كان احدهما معروف التركيب فأن هذا سينسحب على البروتين الثاني وبدرجة عالية من الثقة ، وهناك مزودات خدمة ومواقع انترنيت تقوم بهذه المهامة نظرا لكون الحواسيب الشخصية تقصر عن هذا . والطريقة تتم بعدة خطوات للوصول الى الاستنتاج الأخير ومن هذه الخطوات الخطوة الاولى بناء نموذج أولي Crude Model لتوالي الاستعلام وذلك يصف الثمالات في تركيب القالب مع ما يقابلها في توالي الاستعلام .وبعدها يتم حساب مؤشرات الطاقة للنموذج الأولي والتي تشمل الطاقة وتداخل الثمالات والطاقة الخاصة بكراهية الماء وطاقة الذوبان Solvation Energy ، وبعدها يتم ترتيب الموديلات او النماذج اعتمادا" على مؤشرات الطاقة لإيجاد الطويات ذات الطاقة الأقل التي تعنى أفضل تلاؤم للطويات ، والمخطط التالي يوضح خطوات العمل :

وتكون البروتينات الغشائية صعبة النمذجة لذلك يتم الابتعاد عنها ان كان هناك بدائل