تختلف أهداف إعادة هندسة العمليات من منظمة إلى أخرى وفقاً للظروف التي تعيشها كل منظمة، ونوع الأعمال التي تمارسها، وإعادة هندسة العمليات بشكل علمي وسليم سوف تمكن المنظمة من تحقيق الأهداف التالية، التي من أجلها تتم إعادة هندسة العمليات الإدارية في المنظمات:

1.التغيير جذري في الأداء تهدف جهود إعادة هندسة العمليات الإدارية إلى تحقيق تغيير جذري في الأداء والعمليات، ويتمثل ذلك في:

-تغيير أسلوب وأدوات العمل والنتائج، من خلال تمكين العاملين من تصميم العمل والقيام به وفق احتياجات العملاء وأهداف المنظمة.

-تغيير استراتيجية المنظمة، الهيكل التنظيمي، العمليات من أجل اهتمام الأفراد وشمولهم داخل العمليات.

-تدريب العاملين على ممارسة مسؤولياتهم بصورة متزامنة، وذلك لزيادة الفعالية التنظيمية

-خلق تحسينات فورية في الجودة وزمن دورة التشغيل والخدمة والإنتاجية.

-المرونة في تعديل نظم سير العمل حسب المستجدات

-زيادة فعالية استخدام الأوتوماتكية والمعلوماتية

2.التركيز على العملاء  تهدف إعادة هندسة العمليات إلى توجيه المنظمة إلى التركيز على العملاء من خلال تحديد احتياجاتهم والعمل على تحقيق رغباتهم، بحيث يتم إعادة بناء العمليات لتحقيق هذا الغرض.

-مقابلة طلب العملاء بصورة أكثر كفاءة

-خلق حقيقة أن قيمة العميل أصبحت المرشد لكل نشاط الأعمال.

-زيادة الطلب على المبيعات عن طريق خلق الطلب على المنتجات الحالية أو الجديدة

3.السرعة تهدف إعادة هندسة العمليات إلى تمكين المنظمة من القيام بأعمالها بسرعة عالية من خلال توفير المعلومات المطلوبة لاتخاذ القرارات وتسهيل عملية الحصول عليها.

-زيادة الطلب على المبيعات عن طريق خلق الطلب على المنتجات الحالية أو الجديدة

-زيادة السرعة والمرونة للعمليات الجوهرية

-تحسين الاتصالات ونظم المعلومات والتغذية العكسية للمعلومات

-تبسيط الحدود المشتركة بين العمليات وتدفقات المعلومات

-سرعة اتخاذ القرارات الدقيقة

-الوصول إلى كافة المعلومات بسهولة ويسر

-زيادة السرعة والمرونة للعمليات الجوهرية.

4.الجودة  تهدف إعادة هندسة العمليات إلى تحسين جودة الخدمات والمنتجات التي تقدمها للتناسب احتياجات ورغبات العملاء، وبتكلفة منخفضة ما أمكن.

5.التكلفة تهدف إعادة هندسة العمليات إلى تخفيض التكلفة من خلال إلغاء العمليات غير الضرورية والتركيز على العمليات ذات القيمة المضافة.

-تخفيض المواد المستخدمة

-تخفيض زمن دورة التشغيل

-تحسين إنتاجية التشغيل

-تجنب الأنشطة غير الضرورية

-تخفيض الأخطاء وتكاليف التشغيل الزائدة.