كان من دعائه (عليه السلام) في ذكر التوبة و طلبها : اللّهم يا من لا يصفه نعت الواصفين و يا من لا يجاوزه رجاء الراجين و يا من لا يضيع لديه أجر المحسنين و يا من هو منتهى خوف العابدين و يا من هو غاية خشية المتقين هذا مقام من تداولته أيدي الذنوب و قادته أزمة الخطايا و استحوذ عليه الشيطان فقصر عما أمرت به تفريطا و تعاطى ما نهيت عنه تغريرا كالجاهل بقدرتك عليه أو كالمنكر فضل إحسانك إليه حتى إذا انفتح له بصر الهدى و تقشعت عنه سحائب العمى أحصى ما ظلم به نفسه و فكر في ما خالف به ربه فرأى كبير عصيانه كبيرا و جليل مخالفته جليلة فاقبل نحوك مؤملا لك مستحييا منك و وجه رغبته إليك ثقة بك فأمك بطمعه يقينا و قصدك بخوفه اخلاصا قد خلا طمعه من كل مطموع فيه غيرك و افرخ روعه من كل محذور منه سواك فمثل بين يديك متضرعا و غمض بصره إلى الأرض متخشعا و طأطأ رأسه لعزتك متذللا و ابثك من سره ما أنت اعلم به منه خضوعا و عدد من ذنوبه ما أنت احصى لها خشوعا و استغاث بك من عظيم ما وقع به في علمك و قبيح ما فضحه في حكمك من ذنوب أدبرت لذاتها فذهبت و أقامت تبعاتها فلزمت لا ينكر يا إلهي عدلك إن عاقبته و لا يستعظم عفوك إن عفوت عنه و رحمته لأنك الرب الكريم الذي لا يتعاظمه غفران الذنب العظيم .

أما هذا المقطع فقد احتوى على توحيد اللّه و الثناء عليه و أنه لا يحيط بوصفه نعت الناعتين و لا وصف الواصفين إذ كيف يحيط الممكن المحدود في وجوده و مداركه و علمه و قدرته و في جميع فعالياته بواجب الوجود الذي لا انتهاء لعلمه و سائر قدراته؟

و ألقى الإمام (عليه السلام) نظرة على المذنبين من عباد الله و قد عد نفسه تواضعا منهم و إذ أزمة الخطايا و الشهوات هي التي دفعتهم إلى مخالفة أوامر اللّه تعالى و أنهم حينما يستيقظون تراودهم أفكار مريرة و تأنيب حاد من الضمير لمخالفتهم أوامر اللّه و الجرأة عليه و أنهم يفرعون إليه طالبين منه العفو و المغفرة و الرضوان و لنستمع إلى مقطع آخر من هذا الدعاء الجليل :

اللّهم فها أنا ذا قد جئتك مطيعا لأمرك في ما أمرت به من الدعاء متنجزا وعدك في ما وعدت به من الإجابة إذ تقول: {ادْعُونِي أَسْتَجِبْ لَكُمْ} [غافر: 60] ‏ اللّهم فصل على محمد و آله و القني بمغفرتك كما لقيتك باقراري و ارفعني عن مصارع الذنوب كما وضعت لك نفسي و استرني بسترك كما تأنيتني عن الانتقام مني اللّهم و ثبت في طاعتك نيتي و أحكم في عبادتك بصيرتي و وفقني من الأعمال لما تغسل به دنس الخطايا عني و توفني على ملتك و ملة نبيك محمد (عليه السلام) إذا توفيتني , اللّهم إني أتوب إليك في مقامي هذا من كبائر ذنوبي و صغائرها و بواطن سيئاتي و ظواهرها و سوالف زلاتي و حوادثها توبة من لا يحدث نفسه بمعصية و لا يضمران يعود في خطيئة و قد قلت يا إلهي في محكم كتابك إنك تقبل التوبة عن عبادك و تعفو عن السيئات و تحب التوابين فاقبل توبتي كما وعدت و اعف عن سيئاتي كما ضمنت و أوجب لي محبتك كما شرطت و لك يا رب شرطي ألّا أعود في مكروهك و ضماني أن لا أرجع في مذمومك و عهدي أن أهجر جميع معاصيك , اللّهم إنك أعلم بما علمت فاغفر لي ما علمته و اصرفني بقدرتك إلى ما أحببت اللّهم و علي تبعات قد حفظتهن و تبعات قد نسيتهن و كلهن بعينك التي لا تنام و علمك الذي لا ينسى فعوض منها أهلها و احطط عني وزرها و خفف عني ثقلها و اعصمني من أن اقارف مثلها , اللّهم و إنه لا وفاء لي بالتوبة إلا بعصمتك و لا استمساك بي عن الخطايا إلا عن قوتك فقوني بقوة كافية و تولني بعصمة مانعة اللهم أيّما عبد تاب إليك و هو في علم الغيب عندك فاسخ لتوبته و عائد في ذنبه و خطيئته فإني أعوذ بك أن أكون كذلك فاجعل توبتي هذه توبة لا أحتاج بعدها إلى توبة موجبة لمحو ما سلف و السلامة في ما بقى .

في هذا المقطع وقف الإمام خاضعا ذليلا منكسرا أمام الخالق العظيم و كله رجاء و أمل في أن يستجيب دعاءه و يمنحه المغفرة و الرضوان و يرفعه عن مصارع الذنوب و يستر عليه بستره الجميل فقد تاب إليه توبة نصوحا و أناب إليه و أخلص في طاعته على أن لا يعود إلى مكروه و لا يرجع إلى مذموم و يسلك كل طريق فيه رضاه و يلح الإمام على اللّه في قبول توبته طالبا منه أن يعصمه من كل ذنب و يمحو عنه كل خطيئة و لنستمع إلى بقية هذا الدعاء الجليل :

اللّهم إني اعتذر إليك من جهلي و استوهبك سوء فعلي فاضممني إلى كنف رحمتك تطولا و استرني بستر عافيتك تفضلا اللهم و إني أتوب إليك من كل ما خالف إرادتك أو زال عن محبتك من خطرات قلبي و لحظات عيني و حكايات لساني توبة تسلم بها كل جارحة على حيالها  من تبعاتك و تأمن مما يخاف المعتدون من أليم سطواتك اللّهم فارحم وحدتي بين يديك و وجيب قلبي من خشيتك و اضطراب أركاني من هيبتك فقد أقامتني يا رب ذنوبي مقام الخزي بفنائك فإن سكت لم ينطق عني أحد و إن شفعت فلست بأهل الشفاعة , اللّهم صل على محمد و آله و شفّع في خطاياي كرمك وعد علي سيئاتي بعفوك و لا تجزني جزائي من عقوبتك و ابسط علي طولك و جللني بسترك و افعل بي فعل عزيز تضرع إليه عبد ذليل فرحمه أو غني‏ تعرض له عبد فقير فنعشه اللهم لا خفير  لي منك فليخفرني عزك و لا شفيع لي فليشفع لي فضلك و قد أوجلتني خطاياي فليؤمنّي عفوك في كل ما نطقت به عن جهل مني بسوء أثري و لا نسيان لما سبق من ذميم فعلي و لكن لتسمع سماؤك و من فيها و أرضك و من عليها ما أظهرت لك من الندم و لجأت إليك فيه من التوبة فلعل بعضهم برحمتك يرحمني لسوء موقفي أو تدركه الرأفة علي لسوء حالي فينالني منه بدعوة هي أسمع لديك من دعائي أو شفاعة أو كد عندك من شفاعتي تكون بها نجاتي من غضبك و فوزتي برضاك , اللّهم أن يكن الندم توبة فأنا أندم النادمين و إن يكن الترك لمعصيتك إنابة فأنا أول المنيبين و أن يكن الاستغفار حطة للذنوب فإني لك من المستغفرين اللهم فكما أمرت بالتوبة و ضمنت القبول و حثثت على الدعاء و وعدت الإجابة فصل على محمد و آله و اقبل توبتي و لا ترجعني مرجع الخيبة من رحمتك إنك أنت التواب على المذنبين و الرحيم للخاطئين المنيبين , اللهم صل على محمد و آله كما هديتنا به و صل على محمد و آله كما استنقذتنا به و صل على محمد و آله صلاة تشفع يوم القيامة و يوم الفاقة أنك على كل شي‏ء قدير و هو عليك يسير .

أ رأيتم هذا التبتل و الانقطاع إلى اللّه؟ لقد ذاب الإمام و جلا و خوفا و وجيبا من اللّه هذا هو سيد المتقين و إمام المنيبين و زعيم الموحدين.

من المقطوع به أن الإمام (عليه السلام) لم يقترف في جميع فترات حياته ذنبا و لا خطيئة فقد كانت حياته تشع بنور التقوى و الإيمان و تتدفق بروح الهداية و التقوى لقد أراد الإمام بذلك أن يعطي للأمة دروسا مشرقة عن‏ المبادئ الاصلية في الإسلام التي تدعو الناس إلى اللّه فقد فتحت لهم باب التوبة و ليس لمن شذ في سلوكه و ابتعد عن الطريق القويم أن ييأس من روح اللّه فالطريق مفتوح له إذا تاب و أناب إلى اللّه و اقتلع من نفسه نزعة الإثم و العصيان .