لقد استعملت عبر التاريخ الكائنات الحية الدقيقة مثل الخميرة وأنواع من الفطريات تسبب العفن لإنتاج أنواع مختلفة من المشروبات والأغذية، فعلى سبيل المثال تعطي بعض أنواع الفطريات اللون الأزرق لأنواع من الجبن مثل الستيلتون والجورجونزولا.

وقد تم تعديل الكثير من الكائنات الحية الدقيقة جينياً وخاصة تلك التي تستعمل لإنتاج الأنزيمات بحيث يتم استغلالها في معالجة نسبة كبيرة من الأغذية والمشروبات، وعلى سبيل المثال فقد تم تحديد الشيفرة الجينية لأنزيم الكيموسين الموجود في غشاء معدة العجل والمسؤول عن تخثر الحليب وتم نسخه في خلايا الخميرة حيث تعمل هذه الكائنات الدقيقة على إنتاج كيموسين نقي ومطابق لأنزيمات الحيوانات، وهذا يعني انه يمكن صنع الجبن بدون استعمال غشاء معدة الحيوان مما يجعل الجبن مقبولاً للنباتيين.