يعاني تحليل المحتوى من العديد من العيوب سواء الإجرائية أو النظرية.

- قد لا يكون موضوعيا كما يزعم البعض. حيث أن الباحث يقوم بتحديد وتسجيل البيانات بدقة في بعض الحالات مثل برامج التليفزيون. فالباحث يقوم باتخاذ قرارات حول كيفية تفسير أشكال معينة من السلوك، على سبيل المثال عندما يتصرف شخص بقوة في موقف ما يقرر الباحث أموراً معينة مثل تحديد الفئات بدقة.

- قد يكون تحليل المضمون مضيع للوقت على سبيل المثال عند تحليل مجموعة من محتوى الصحف والبرامج التليفزيونية.

-  عند محاولة تحديد السلوك يقوم بتوضيح نوعية الناس. البيانات الإحصائية التي يقدمها تحليل المضمون تقدم تفسيراً للحظة واحدة من السلوك. ف

- هو يصف أكثر من أن يفسر.

-  يخضع للخطأ، خاصة عند استخدام التحليل الترابطي ولتحقيق أعلى مستوى من التفسير.

-  في كثير من الأحيان، يخلو من القواعد النظرية، ويعمل على استخلاص النتائج ذات مغزى في العلاقات والتأثيرات الضمنية.