اما الجوانب السلبية للأنهار كحدود دولية فتتمثل بالآتي :

1- تغيير مجاري الأنهار، اذ تتغير مجاري الأنهار تبعا لظروف ومكونات السطح الجغرافي فتميل الانهار النني تمر في مرحلة الشيخوخة الى الترنح في سيرها بعد انخفاض انحدار مجراها ويسبب ضعف قدرتها على النحت وللحفاظ على مجراها تلجا الأنهار الى تغيير مجراها والحفر في مناطق لينة وتحاشي المناطق ذات الصخور الصلبة وغالبا ما ينجم عن هذا التغيير صراعات سياسية قد تؤدي احيانا إلى صدامات عسكرية مسلحة، وفي هذه الحالة يكون الحل الأفضل لتحاشي المشكلات المستقبلية كبح جماح النهر وتثبيت مجراه بالإنشاءات الهندسية كالسدود باتفاق الطرفين، كما يصعب وضع علامات الحدود في المياه خاصه اذا كان النهر يجري بسرعة او يستخدم في الملاحة او صيد الأسماك كما أن علامات الحدود تظهر على الخرائط فقط، ومن الأمثلة على مشاكل الحدود النهرية بين الأردن ( واسرائيل) عام ١٩٨٣-١٩٨٢ تغيير مجرى نهر الأردن نحو الغرب وإضافة بعض الهكتارات الى الجانب الأردني من الأراضي الفلسطينية.

2- تعمل الأنهار على تقديم الحضارة الواحدة في دول منفصلة.

3- تحرم بعض الدول من حق استخدام مياه النهر بالرغم من وقوع أحد ضفافه عليه، وفي الغالب تكون الاتفاقيات المبرمة بين الدولتين قد حصرت حق استخدام مياه النهر بدولة دون أخرى وهذا ما حدث بالفعل بين العراق وايران وفق الاتفاقية التي عقدت بين الدولة العثمانية والفارسية عام ١٩٣٧ حيث حصرت استخدام مياه شط العرب بالعراق دون ايران والنني رفضها الجانب الايراني عام 1968.