قد تشمل الاضطرابات الغذائية والوراثية بنية ثانوية مختلة أو مضطربة

لقد أثبتت الأهمية الطبية للبنية الثانوية التامة من خلال اضطرابات التخليق الحيوي للتروبوكولاجين ونضجه. ففي حالات العوز الشديد للفيتامين C، تتوقف فعالية إنزيمات هيدروكسيلاز البروليل والليسيل ولا يستطيع التروبوكولاجين أن يدخل في التفاعلات المشكلة للروابط المتصالبة التساهمية، وتكون النتيجة هي الإصابة بالبثع او الاسقربوط (Scurvy) يتميز هذا الاضطراب الوراثي سريريا بنزوف في اللثة وتأخر شفاء الجروح وأخيرا الموت. وبشكل مشابه، يعكس داء منكيز Menkesdisease، الذي تتميز بشعر ملتو (Kinky hair) وتأخر في النمو، العوز الغذائي للنحاس الذي يحتاجه إنزيم أكسيداز الليسيل.

تتضمن الاضطرابات الوراثية في التخليق الحيوي للكولاجين عدة أشكال من تكون العظم الناقص التي تتميز سريرياً بعظام هشة Osteogenesis imperfecta.

وقد تنشأ أشكال محددة وراثيا من هذا الداء عن  عيوب في جينات مختلفة تساهم في التخليق الحيوي للكولاجين. وبالمثل، هناك أنماط متعددة من متلازمة Ehlers-Danlos syndrom إهلرز -دانلوس   تتميز سريريا بشذوذات في المفاصل المتحركة والجلد تعكس عيوباً في الجينات التي ترمز طليعة الكولاجين ألفا أو ببتيداز

Procollagen N-peptidase النهاية الأمينية لطليعة الكولاجين (او الكولاجين الاولي)  أو هيدروكسيلاز الليسيل.