وقع الخلاف في ولادته (عليه السلام) ، و الأشهر بين العلماء و المشايخ انّه ولد في التاسع عشر من شهر رمضان المبارك أو الخامس عشر سنة 195هـ في المدينة المشرفة، و ذكر ابن عيّاش انّ ولادته صادفت العاشر من شهر رجب، و ورد في دعاء الناحية المقدسة:  اللهم انّي أسألك بالمولودين في رجب محمد بن عليّ الثاني و ابنه عليّ بن محمد المنتجب ؛ و هذا الدعاء يؤيد قول ابن عياش .

اسمه الكريم محمد، و كنيته المشهورة أبو جعفر، و ألقابه التقي و الجواد، و قيل أيضا: المختار و المنتجب و المرتضى و القانع و العالم و غيرها، و قال الشيخ الصدوق: سمّي محمد بن عليّ الثاني التقي لانّه اتقى اللّه عز و جل فوقاه شرّ المأمون لمّا دخل عليه بالليل سكران، فضربه بسيفه حتّى ظنّ انّه قد قتله فوقاه اللّه شرّه‏ .

ووالدته أمّ ولد اسمها سبيكة، و سمّاها الامام الرضا (عليه السلام) خيزران، و كانت من اهل النوبة و من قبيلة مارية القبطية أمّ ابراهيم ابن رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله) ، و كانت أفضل نساء زمانها و أشار إليها رسول اللّه (صلى الله عليه واله) بقوله: بأبي ابن خيرة الإماء النوبية الطيّبة .

و في رواية يزيد بن سليط عند ما لقى الامام موسى الكاظم (عليه السلام) في طريق مكة قال له: انّي أؤخذ في هذه السنة و الأمر هو إلى ابني عليّ، سمّي عليّ و عليّ، فاما عليّ الاول فعليّ بن أبي طالب، و امّا الآخر، فعليّ بن الحسين (عليهما السّلام)، أعطي فهم الأول و حلمه ونصره و ودّه و دينه و محنته، و محنة الآخر و صبره على ما يكره و ليس له ان يتكلّم الّا بعد موت هارون بأربع سنين ؛ ثم قال لي: يا يزيد، و إذا مررت بهذا الموضع و لقيته و ستلقاه فبشّره انّه سيولد له غلام أمين مأمون، مبارك، و سيعلمك انّك قد لقيتني فأخبره عند ذلك انّ الجارية التي يكون منها هذا الغلام جارية من أهل بيت مارية جارية رسول اللّه (صلى الله عليه واله) أمّ ابراهيم، فان قدرت أن تبلّغها منّي السلام فافعل‏ .

يقول المؤلف : يكفي في جلالة امّه (عليه السلام) انّ الامام موسى الكاظم (عليه السلام) يأمر يزيد بن سليط ان يبلّغ سلامه لها، كما فعل رسول اللّه (صلى الله عليه واله) حينما أمر جابر بن عبد اللّه الانصاري أن يبلّغ سلامه للامام الباقر (عليه السلام) .

أمّا كيفية ولادته (عليه السلام) فكما رواها العلامة المجلسي في جلاء العيون انّه قال: روى ابن شهرآشوب بسند معتبر عن حكيمة بنت الامام موسى الكاظم (عليه السلام) انّها قالت: لما حضرت ولادة الخيزران أمّ أبي جعفر (عليه السلام) دعاني الرضا (عليه السلام) فقال لي: يا حكيمة احضري ولادتها و ادخلي و ايّاها و القابلة بيتا ؛ و وضع لنا مصباحا و اغلق الباب علينا، فلمّا أخذها الطلق طفى المصباح و بين يديها طست، فاغتممت بطفإ المصباح، فبينا نحن كذلك إذ بدر أبو جعفر (عليه السلام) في الطست و إذا عليه شي‏ء رقيق كهيئة الثوب يسطع نوره حتى أضاء البيت، فأبصرناه فأخذته فوضعته في حجري و نزعت عنه ذلك الغشاء .

فجاء الرضا (عليه السلام) ففتح الباب و قد فرغنا من أمره فأخذه فوضعه في المهد و قال لي:

يا حكيمة الزمي مهده، قالت: فلمّا كان في اليوم الثالث رفع بصره إلى السماء ثم نظر يمينه ويساره، ثم قال: أشهد أن لا إله الّا اللّه و أشهد انّ محمدا رسول اللّه ؛ فقمت ذعرة فزعة فأتيت أبا الحسن (عليه السلام) فقلت له: لقد سمعت من هذا الصبي عجبا، فقال: و ما ذاك؟ فأخبرته الخبر، فقال: يا حكيمة ما ترون من عجائبه اكثر .

و روي في عيون المعجزات بسند معتبر عن كلثم بن عمران انّه قال: قلت للرضا (عليه السلام) : أدع اللّه ان يرزقك ولدا، فقال: إنمّا أرزق ولدا واحدا و هو يرثني، فلمّا ولد أبو جعفر (عليه السلام) قال الرضا (عليه السلام) لأصحابه: قد ولد لي شبيه موسى بن عمران، فالق البحار، فيبكي له و عليه أهل السماء، و يغضب اللّه تعالى على عدوّه و ظالمه فلا يلبث الّا يسيرا حتى يعجّل اللّه به إلى عذابه الأليم و عقابه الشديد، و كان طول ليلته يناغيه في مهده‏ .

و المشهور انّه كان شديد الادمة و قيل أبيض معتدل، و كان نقش خاتمه نعم القادر اللّه و تسبيحه (عليه السلام) في اليوم الثاني و الثالث عشر و هي: سبحان من لا يعتدي على اهل مملكته، سبحان من لا يؤاخذ أهل الأرض بألوان العذاب، سبحان اللّه و بحمده .

و روي في الدر النظيم انّ حكيمة قالت: لما كان اليوم الثالث عطس الامام الجواد (عليه السلام) ) فقال: الحمد للّه و صلى اللّه على سيدنا محمد و على الائمة الراشدين‏ .