Protein Threading

طريقة لنمذجة البروتينات وتحديد Model له وتسمى ايضا Fold Recognition تعتمد على استعمال بروتينات مطوية معروفة التركيب ولكن ليست مماثلة ، وتختلف عن Homology Modeling وذلك لان الطريقة تستعمل البروتينات التي ليست لها تراكيب في قاعدة البيانات pdb في حين ان Homology Modeling تستعمل البروتينات الموجودة في قاعدة البيانات pdb كقوالب للبناء عليها والمقارنة. والطريقة تستعمل البيانات الاحصائية والعلاقة بين البروتينات المودعة في قاعدة pdb وتوالي البروتين المراد تحديد موديل له ، ويكون ذلك بوضع كل حامض اميني في البروتين تحت الدراسة وصفه مع كل حامض اميني موجود في القالب.ويقييم مدى التناغم بين بروتين الدراسة (البروتين المستهدف) اي بروتين الاستعلام Query Protein مع البروتين القالب . وبعد الوصول الى افضل الحالات Best-Fit Template المنتخب يتم بناء شكل التوالي المستعلم عنه او البروتين تحت الدراسة . ويمكن استعمال توالي البروتين كاملا او تقطيعة لتسهيل ايجاد الموديل .وهذه العمليات تتم باستعمال الحاسوب وبرامجه الخاصة .

وتعتمد الطريقة على حقيقة ان عدد انواع الطوي قليلة بحدود 1300 نوع ، والبروتينات الجديدة المودعة حوالي 90% في القاعدة خاصة في السنوات الاخيرة لابد ان تكون لها مشابهات في بروتينات القاعدة الاصلية . 
ومن القواعد المساعدة في الطريقة المستعان بها قاعدة Structural Classification of Proteins الحاوية على تفاصيل دقيقة لتراكيب البروتينات المودعة على عدة مستويات . وكذلك تتم الاستعانة بقاعدة البيانات Class Architecture Topology Homology فضلا عن استعمال قواعد اخرى . ولهذه الطريقة مزودات خدمة Servers وبرامج خاصة بها.

من الاسس المعتمدة في الطريقة ان التركيب الثانوي اكثر ثبوتا من التركيب الثلاثي لذلك تستعمل العلاقات بين التركيب الثانوي والثلاثي بدلا من تواليات البروتينات ، ومنها فان % 25 من تماثل الحوامض الامينية يمكن من معرفة التركيب الثلاثي . ويمكن التاكد من النتائج باستعمال عدد من الطرق والبرامج منها التشابه بالوظيفة مثل الآلية المستعملة من قبل الانزيمات والدور لذي تؤديه في الخلية والتوزيع الخلوي .