ان  الباحثين لازالوا مختلفين حول اسباب حدوث هذه الظاهرة ، فبعد حدوثها عام(1972) تطورت البحوث التي تحاول معرفة أسبابها لتعميق المعرفة بها ومحاولة التنبؤ بحدوثها ، ألا أن هذه الخطوة لم تتقدم كثيراً فظهرت على أثرها نظريات تحاول تفسير أصل الظاهرة وأسباب نشوئها، ومنها:

- نظرية التراخي أو خمول الرياح التجارية:

بحسب هذ النظرية فأن النينو يحدث بسبب ضعف الضغط العالي لجنوب المحيط الهادي وضعف الرياح التجارية الجنوبية على طول ساحل أمريكا الجنوبية ، لذلك يضعف تصاعد الماء من الأعماق او يتوقف ، مما يؤدي الى تسخين مستمر في الموقع وزيادة رفع درجة حرارة الماء ان ظاهرة التسخين تصل جنوباً الى دائرة عرض (14درجه جنوباً) ، خلال فترة ضعف التجاريات ، لذا فأن انتقال الحرارة المحسوسة والكامنة من المحيط الى الهواء تصبح دون معدلها ، لذلك يختزن المحيط طاقه أكثر من المعدل مما يؤدي الى رفع درجة حرارة الماء ، كما ان ضعف التجاريات ينتج عنه تأثير أعظم على  رفع درجة الحرارة ، وبالتالي فأن انطلاق النينو يبدو كاستجابة حركيه من المحيط الهادي الى قوى الغلاف الغازي ، حيث انه خلال مدة هبوب الرياح التجارية الجنوبية الشرقية بقوه لأكثر من سنة تزداد دورة وولكر نشاطاً حول الضغط العالي لجنوب الهادي ولا سيما للتيار الاستوائي الجنوبي مسببه تكدس الماء في غرب المحيط الهادي الاستوائي ، لذلك سيبدو هناك انحدار في مستوى الماء من الغرب الى الشرق ، وحالما تضعف التجاريات الجنوبية الشرقية فأن الماء المتكدس في غرب المحيط الهادي سيبدأ بالحركة شرقاً ، مما يؤدي الى وصول كميات كبيره من الماء الدافئ الى سواحل الأكوادور وبيرو ، وبذلك يبدأ النينو، بسبب ضعف الضغط العالي لجنوب الهادي وضعف التجاريات في كلا النصفين مع أزاحه موقع المنخفض الاستوائي الى جنوب موقعه في الصيف الجنوبي فيزيح الرياح التجارية الجنوبية الاعتيادية التي ينتج عنها تصاعد الماء البارد من الأعماق فينقطع تصاعدها تعددت الآراء حول أسباب تراخي الرياح التجارية حيث ترى بعض الآراء أن هناك عوامل تحفز هذا التراخي ومنها دورة وولكر والتذبذب الجنوبي ، وهي الدورة الدائرية للبحر والغلاف الغازي مسببه ارتفاع الضغط عند سواحل أمريكا الجنوبية وانخفاضها عبر الهادي عند إندونيسيا مؤديه الى هبوب رياح من اليابس الى الماء تدفع المياه الدافئة الى غرب الهادي بفعل الرياح التجارية الشديدة ومنتجه تصاعد ماء بارد من الأعماق ، تنعكس هذه الدورة نتيجة اختلاف ضغط الهواء بين جزيرة ايستر ومنظومة دارون في استراليا فتنتج النينو من هذه الاختلافات التي تحدث عبر معظم الهادي أذ يؤدي ارتفاع الضغط في دارون وانخفاضه في تاهيتي في منتصف الهادي الى ضعف الرياح التجارية فيضعف انحباس المياه الدافئة شرقا فينعكس حركة التيار الاستوائي لينتج عنه دورة وولكر ضعيفة لكنها معاكسه لحركتها الاعتيادية (التذبذب الجنوبي ) مما يؤدي الى تحسن دورة هادلي ، وان هذا التنشيط لدورة هادلي سوف ينشط الرياح التجارية السطحية قرب سواحل أمريكا الجنوبية والتي بدورها تعمل على منع تدفق استمرار المياه الدافئة عبر الهادي وهذا يعني انتهاء ظاهرة النينو ، وعندما يعاد نشاط المياه الباردة في شرق الهادي ، فأن دورة هادلي تضعف ويصبح الوضع جاهزاً لعودة تيار المياه الدافئة هناك رأي آخر يؤكد على أن من نتائج ظاهرة النينو في العروض المدارية تنشيطها للحركة الجوية ومن ثم زيادة فاعلية الرياح التجارية في تحريك المياه ودفعها غرباً في فترة اللانينو التي تشكل مرحله فاصله ما بين حادثتي نينو ، يلي ذلك تراكم فاعل للمياه في غرب المحيط الهادي ، ومن ثم نشأة النواة الأولى لبداية نينو فيما يشبه الدورة الذاتية التي يحركها النينو نفسه التي يشار اليها بما اصطلح عليه تسمية التغذية الاسترجاعية .

ويرى هذا الرأي أيضأ أن تراخي الرياح التجارية ينشط  أمواج تحت سطحيه تسمى أمواج كلفن تزيد من انخفاض الميل الحراري قبالة سواحل أمريكا الجنوبية ، وعلى الرغم من ان الرياح التجارية الجنوبية الشرقية التي تهب على امتداد ساحل أمريكا الجنوبية لا تهدأ بل تستمر بدفع المياه المتجمعة لتحل محلها مياه دافئة فقيره بالمواد العضوية ونتيجةً لذلك فأن التيار المتجه غرباً بعيداً عن ساحل أمريكا الجنوبية الاستوائية لا يضعف بفعل امواج كلفن المندفعة نحو الشرق فحسب بل سيكون اكثر دفئاً عما كان علية سابقا وبامتداده نحو الغرب سيعمل على تدفئة المحيط الهادي الاوسط لذا فان الهواء سيرتفع الى الاعلى فوق الماء الساخن جاذبا الفرع الصاعد في تجويف دوران هادلي باتجاه الشرق تتبعه الرياح الغربية التي تقوي امواج كلفن وتولد المزيد منها محدثة امطار غزيرة فوق المناطق الجافة ، تطلق الحرارة الكامنة التي اكتسبتها عند التبخر من سطح البحر لتنتقل الى الغرب من طبقة التربوسفير العليا بدل من تدفقها نحو الشرق ،فتعمل دورة هادلي على نقل هذه الطاقة الى التيارات النفاثة الغربية لتدفع نظام العواصف الكبير بعيد عن خط الاستواء ليعود الهواء فيهبط فوق اندونيسيا جافا مسببا طقسا جافا. هناك راي اخر ثالث يرى ان استمرار هبوب الرياح التجارية سيعمل على تراكم المياه قرب اندونيسيا والامساك بهذه المياه الزائدة وابقائها مكانها طالما قوة دفع الرياح اقوى من القوه الطاردة الا ان تجمع هذه المياه عند السواحل الشرقية بكثره يضعف من قوة الرياح الدافعة والرياح الساحلية فتعمل جزر المحيط الهادي القوسية الشكل عند النطاق الغربي العريض للهادي ،عمل العدسة المقعرة من خلال دفع المياه المتجمعة عند سواحلها بقوة معادله لقوة الريح الدافعة معاكسة لها بالاتجاه ، وتجمع المياه عند المركز الذي يتساوى فيه قوة (الفعل للرياح) مع قوة رد الفعل (للتيار البحري المنعكس) لتعيد التوازن اذ ان المحيط الهادي خال من الرفاف والمنحدرات القارية في الوسط وذو ارضيه بعيدة الاعماق متجانسه ومستقرة ، وهو حوض شبه مغلق لا تفصله عن القارات التي تمتد حوله سوى معابر بحريه ضحله ، لذا لن يتعرض سير التيار المرتد الذي سيعمل على تعميق الحرارة ، وبما أن حرارة الأعماق متعادلة مع درجة حرارة سطح البحر من خلال انطلاق الحرارة الكامنة الى الجو ، فأن الارتفاع في درجة حرارة الاعماق سيسبب زياده في درجة حرارة سطح البحر في وسط المحيط الهادي مما يؤدي الى زيادة الدفء في الجو ، مكونا غيوماً محمله بالأمطار فيتحرك نظام الضغط الواطئ شرقاً من فوق إندونيسيا الى وسط الهادي مما يؤدي الى أضعاف التجاريات الجنوبية الشرقية ، ثم عكس اتجاهها شرقا عاكسا بذلك اتجاه التيار البحري السطحي مولدةً موجة كلفن التي تعمل على تجمع المياه عند السواحل الشرقية للمحيط الهادي دافعه مستوى الحد الحراري الى اعماق كبيره مما يؤدي الى قطع امدادات المياه بالغذاء عن قاع المحيط الى السطح.