لما أراد امير المؤمنين (عليه السلام) غسله استدعى الفضل بن العباس فأمره ان يناوله الماء لغسله بعد أن عصبت عينه، ثم شق قميصه من قبل جيبه حتى بلغ إلى سرته وتولى غسله وتحنيطه وتكفينه والفضل يعاطيه الماء و يعينه عليه، فلما فرغ من غسله وتجهيزه تقدم فصلى عليه وحده لم يشركه معه أحد في الصلاة عليه، وكان المسلمون في المسجد يخوضون فيمن يؤمهم في الصلوة عليه وأين يدفن؟ فخرج اليهم أميرالمؤمنين (عليه السلام) وقال لهم: ان رسول الله (صلى الله عليه واله) امامنا حيا وميتا فليدخل عليه فوجا بعد فوج منكم فيصلون عليه غير امام وينصرفون وان الله لم يقبض نبيا في مكان وقد ارتضاه لرمسه فيه، وانى لدافنه في حجرته التى قبض فيها، فسلم القوم لذلك ورضوا به، ولما صلى المسلمون عليه أنفذ العباس بن عبد المطلب برجل إلى أبى عبيدة بن الجراح وكان يحفر لأهل مكة ويضرح وكان ذلك عادة أهل مكة، وانفذ إلى زيد بن سهل وكان يحفر لا هل المدينة ويلحد فاستدعاهما وقال: اللهم خر لنبيك، فوجد أبو طلحة زيد بن سهل وقيل له: احفر لرسول الله (صلى الله عليه واله)، فحفر له لحدا ودخل أميرالمؤمنين (عليه السلام) والعباس ابن عبد المطلب والفضل بن العباس واسامة بن زيد ليتولوا دفن رسول الله (صلى الله عليه واله) فنادت الانصار من وراء البيت: ياعلى انا نذكرك الله وحقنا اليوم من رسول الله ان يذهب ! ادخل منا رجلا يكون لنا به حظ من مواراة رسول الله (صلى الله عليه واله)، فقال: ليدخل اوس بن خولى وكان بدريا فاضلا من بنى عوف من الخزرج، فلما دخل قال له على (عليه السلام): انزل القبر فنزل، ووضع أميرالمؤمنين رسول الله عليها الصلاة والسلام على يديه ودلاه في حفرته، فلما حصل في الارض قال له: اخرج فخرج ونزل علي (عليه السلام) القبر، فكشف عن وجه رسول الله (صلى الله عليه واله) ووضع خده على الارض موجها الى القبلة على يمينه ثم وضع عليه اللبن وأهال عليه التراب.

وكان ذلك في يوم الاثنين بقيتا من صفر سنة احدى عشرة من هجرته صلوات الله وسلامه عليه وآله، وهو ابن ثلاث وستين سنة، ولم يحضر دفن رسول الله (صلى الله عليه واله) أكثر الناس لما جرى بين المهاجرين والانصار من التشاجر في امر الخلافة وفات أكثرهم الصلوة عليه لذلك، وأصبحت فاطمة تنادى : واسوء صباحاه، فسمعها أبو بكر فقال لها: ان صباحك لصباح سوء.