أما معاجزه التي تتعلق بالجمادات والنباتات كردّ الشمس له في زمن رسول اللّه (صلى الله عليه واله)و بعد وفاته في أرض بابل، و قد ألّف بعض العلماء كتبا في جواز ردّ الشمس و ذكروا ردّ الشمس له في مواضع عديدة.

ومنها تكلّم الشمس معه في مواضع عديدة، و منها أمره (عليه السلام) بسكون الارض حينما حدثت زلزلة في المدينة في زمن أبي بكر و كانت دائمة الحركة فسكنت بأمر أمير المؤمنين (عليه السلام)‏ .

ومنها تكلّم الحصى في كفّه و منها حضوره على جنازة سلمان في المدائن بطيّ الارض و تجهيزه.

ومنها إيصال أبي هريرة الى بيته و أهله بطيّ الأرض حينما شكى الى عليّ (عليه السلام) كثرة شوقه الى اهله و حب لقائه لهم‏ ، و منها حديث البساط و سيره به في الهواء مع بعض الصحابة وذهابهم‏

الى الكهف و الى اصحاب الكهف و تسليمهم عليهم و عدم ردّهم للسلام الّا لعليّ (عليه السلام) وتكلّمهم معه‏ .

ومنها انقلاب الحجر ذهبا للمديون ببركة دعائه‏ ، و أمره للجدار الذي كان (عليه السلام) متكئا عليه بعدم السقوط، و منها سرده لحلقات درعه بيده كما قال خالد بن الوليد: رأيت عليا يسرد حلقات درعه بيده و يصلحها، فقال عليّ (عليه السلام) له: يا خالد بنا لان الحديد لداود.

ومنها شهادة نخيل المدينة بفضله و فضل ابن عمه و أخيه رسول اللّه (صلى الله عليه واله) فقال النبي (صلّى اللّه عليه و آله):

يا عليّ سمّ نخل المدينة صيحانيّا فقد صاحت بفضلي وفضلك، ومنها اعادته شجرة العرموط اليابسة الى الحياة وانقلاب قوسه ثعبانا بأمره‏ ، و من قبيل هذه المعجزات الشيء الكثير الذي لا يمكن احصائه.

وأما معاجزه التي تتعلق بالمرضى والموتى، كالتئام يد هاشم بن عدي الهمداني التي قطعت في معركة صفين، والتئام يد الرجل الأسود التي قطعت بأمره (عليه السلام) لسرقته وكان من محبّي أمير المؤمنين (عليه السلام)‏ .

ومنها تكلم الجمجمة البالية معه في أراضي بابل، فبني هناك مسجد، ومكانه قرب مسجد ردّ الشمس في نواحي الحلّة ، وقد أشرت الى مسجد ردّ الشمس ومسجد الجمجمة في كتاب تحية الزائر.

ومنها إحياؤه سام بن نوح و إحياؤه أصحاب الكهف (كما مرّ)، وقد روي عن الباقر (عليه السلام)‏

انّه قال : مرض رسول اللّه (صلى الله عليه واله) مرضة فدخل عليّ (عليه السلام) المسجد فاذا جماعة من الأنصار، فقال لهم : أيسركم أن تدخلوا على رسول اللّه (صلّى اللّه عليه و آله)؟. قالوا: نعم، فاستأذن لهم فدخلوا فجاء عليّ و جلس عند رأس رسول اللّه (صلى الله عليه واله)فأخرج يده من اللّحاف و بيّن صدر رسول اللّه (صلى الله عليه واله) فاذا الحمّى تنفضه نفضا شديدا، فقال: أم ملدم أخرجي عن رسول اللّه و انتهرها.

فجلس رسول اللّه (صلى الله عليه واله) وليس به بأس، فقال: يا ابن أبي طالب لقد أعطيت من خصال الخير حتى أنّ الحمّى لتفزع منك‏ .

وروى ابن شهرآشوب عن عبد الواحد بن زيد انّه قال:

كنت في الطواف إذ رأيت جارية تقول لأختها : لا و حقّ المنتجب بالوصية، الحاكم بالسويّة، العادل في القضيّة، العالي البنية، زوج فاطمة المرضيّة ما كان كذا.

فقلت: أتعرفين عليّا؟.

قالت وكيف لا أعرف من قتل أبي بين يديه في يوم صفين و إنّه دخل على أمّي ذات يوم فقال لها: كيف أنت يا أمّ الأيتام؟.

فقالت: بخير، ثم أخرجتني أنا وأختي هذه إليه وكان قد ركبني من الجدري ما ذهب له بصري فلمّا رآني تأوّه ثم قال:

ما إن تأوّهت من شي‏ء رزيت به‏                   كما تأوّهت للأطفال في الصغر

قد مات والدهم من كان يكفلهم‏            في النايبات وفي الأسفار والحضر

ثم أمرّ يده على وجهي فانفتحت عيني لوقتي و انّي لأنظر الى الجمل الشارد في الليلة الظلماء .

ومن معاجزه (عليه السلام) نزول العذاب على خصومه وأعدائه وهلاكهم، كهلاك رجل تحت حوافر الإبل بعد ما سبّ عليّا (عليه السلام)، وعمى أبي عبد اللّه المحدث الذي أنكر فضله، و انقلاب الخطيب الدمشقي الى كلب، وانقلاب آخر الى خنزير ، واسوداد وجه رجل آخر، و خروج‏ ثور من الشط في واسط وقتله للخطيب البذيّ اللسان، و عصره عنق فاسق في النوم و انسداد بول آخر، وهلاك جمع كثير في النوم من الذين كانوا يسبّونه، كأحمد بن حمدون الموصلي، وذبح جار محمد بن عباد البصراوي، وغيرهم من الذين ذاقوا العذاب في الدنيا لبغضهم وسبّهم لعليّ (عليه السلام)، وعمى رجل آخر كذّب عليّا، ونزول العذاب على الحارث بن النعمان الفهري الذي أبى ولاية أمير المؤمنين (عليه السلام) وأظهر انزعاجه منها ، وقد ذكرت هذه القضية عن الثعلبي وسائر أئمة أهل السنّة في كتابي (فيض القدير) وأبطلت اعتراضات ابن تيمية الحراني على هذا الحديث الشريف وجعلت خرافاته هباء منثورا ومن معاجزه أيضا ما ظهر بعد استشهاده وما ظهر من قبره الشريف.