البروتينات ليست دائما نافعة للجسم، وإنما تكون ضارة في بعض الحالات التي تستخدم فيها بشكل مبالغ فيه .
نشرت جريدة "هافنجتون بوست" تقريرا عن أهم المشاكل التي يسببها الإفراط بتناول البروتينات وهي:

1- يتسبَّب الاستهلاك الزائد للبروتينات، خصوصاً إذا كان مصحوباً بنقصان في الكربوهيدرات، بالإصابة بـ"الكيتوزية" أو فرط كيتون الجسم، وهي حالة مرضيَّة تتراكم فيها الأحماض الكيتونية في الدم، ويترتب على ذلك شعور المصاب بالغثيان والتعب وهبوط ضغط الدم وانخفاض في نسبة الأنسولين، بالإضافة إلى صدور رائحة كريهة من الفم. الخبر الأسوأ هنا هو أنّ هذه الرائحة تنبعث في الواقع من داخل الجسم وليس من الفم نفسه، مما يعني أن محاولات التخلُّص منها عبر تنظيف الأسنان أو استعمال غسول الفم لن تؤدي إلى أيّ نتيجة حقيقية.

2- لا يؤثر البروتين على الكلى السليمة بشكلٍ مباشر، لكنّ تأثيره يكون على الأشخاص المصابين بأمراض الكلى، ذلك لأنَّه يجهدها ويدفعها إلى العمل بشكلٍ أكبر من الطبيعي وبالتالي فإنَّه يفاقم من المشاكل التي تُعاني منها. ونفس الشيء ينطبق بالضبط على الكبد، حيث يظهر تأثير البروتين على الكبد غير السليمة فقط. 3- قد نلاحظ أن الأشخاص الذين يستهلكونَ كميَّات كبيرة جداً من البروتينات (كلاعبي رفع الأثقال مثلاً) يكونون غاضبين ومنزعجين طوال الوقت. ماذا لو عرفنا أنّ نقص السكريات وتعويضها بالبروتينات، بغرض الحصول على نتائج أفضل، يؤثِّر بشكلٍ سلبيّ على هرمون السيروتونين المسؤول عن تعديل المزاج. ففي دراسة قام بها 3 باحثين أستراليين توصلوا إلى أن الأشخاص الذين يلجؤون إلى النظام الغذائي الذي ذكرنا، يعانون من سوء المزاج أكثر ممن يتبعون نظاماً غذائياً مختلفاً.

4- كثرة البروتينات تمنع امتصاص الألياف التي يحتاجها الجسم بشدَّة بقدر 25 إلى 35 غراماً في اليوم، وهو الأمر الذي يؤدي إلى الإمساك والشعور بالانتفاخ والتوتر والغثيان.

5- تلقى الأنظمة الغذائية الغنيَّة بالبروتين إقبالاً كبيراً إذ يظن البعض أنها تساعد على تخفيف الوزن. لكن المركز الوطني الأمريكي للدراسات البيوتكنولوجية نشر دراسةً أجريت على أكثر من 7000 شخصٍ بالغ، أظهرت أن الأشخاص الذين يستهلكون أكبر قدر من البروتينات، يعرضون نفسهم للزيادة في الوزن على المدى البعيد بنسبة 90 % مقارنةً مع الأشخاص الذين يستهلكونه بشكلٍ أقل. بشكلٍ عام يُنصح بأن لا تتجاوز كمية البروتين المستهلكة أكثر من 30 % من مجموع العناصر الغذائية الأخرى.