بما أن جميع الإنزيمات هي عبارة عن مواد بروتينية، فهي تتكون من أحماض أمينية من النوع ألفا amino acids متصلة مع بعضها كوحدات بنائية بواسطة روابط ببتيدية peptide linkages مكونة بذلك سلاسل طويلة أحادية monomer أو متعددة قصيرة السلسلة oligomer فأن تسلسل وترتيب وتعاقب الأحماض الأمينية في الإنزيمات تكون متخصصة ويقرر نوع الإنزيم وتتكون بعض الإنزيمات من الأحماض الأمينية فقط مثل الببسين والتربسين أو قد تحتوي على مركبات أخرى إضافة إلى الأحماض الأمينية والتي تكون مرتبطة بقوة أو لا ترتبط بقوة إلى الأحماض الأمينية وغالبا ما تكون مركبات لا عضوية يطلق عليها الإنزيمات المعدنية metal enzymes ويحصل ترتيب هذه المكونات بعضها مع البعض الآخر وتركيبها البنائي المجسم (التركيب البنائي ثلاثي الأبعاد) في الفراغ ثم الهيئة التركيبية conformation والشكلية configuration الذي تكون علية السلسلة الببتيدية للإنزيم بسبب التوزيع الفضائي ونتيجة لالتفاف السلسلة الببتيدية حول بعضها أو انفصالها بسبب وجود أو عدم وجود الأواصر بين السلاسل الببتيدية المتعددة أو حتى ضمن السلسة الببتيدية الواحدة وتختلف الإنزيمات بعضها عن البعض الآخر في التركيب البنائي حسب عدد ونوع وترتيب الأحماض الأمينية بالنسبة لبعضها في السلسلة أو السلاسل الببتيدية المكونة لها والتوزيع الفراغي للذرات والمجموعات لكل سلسلة ببتيدية ويحدد ذلك درجة الالتواء أو الانحناء أو الالتفاف أو الانطواء على طول السلسلة الببتيدية مما يحدد الشكل للسلسلة سواء كان حلزوني أو مبروم ثم شكل تكوين التركيب البنائي ثلاثي الإبعاد للإنزيم.