يوجد الحديد والمنجنيز في كثير من مصادر المياه الجوفية ويوجد المنجنيز عادة مع الحديد ولكن بنسب اقل عند توفر ثاني أكسيد الكربون نتيجة التحلل اللاهوائي للمواد العضوية في التربة في عدم قله وجود الأكسجين عندئذ فان أملاح الحديد الموجودة في التربة والغير مذابة تتحول إلى الأملاح المذابة نتيجة تفاعلاتها مع ثاني أكسيد الكربون مكونه بيكربونات وأيدروكسيدات الحديدوز والمنجنيز في شكل ثنائي التكافؤ كما يوجد الحديد والمنجنيز مرتبط بالمركبات العضوية الناتج من تحلل الكائنات الحية النباتية والحيوانية والتي تسمى بالحامض الأصفر ( yellow Acid) والذي متحد مع مركبات الحديد مكونا مركبات عضويه معقده ملونة .يوجد الحديد في المياه الجوفية بنسب حتى 25 جزء في المليون و قد يزيد عن ذلك أو يقل كما أن المنجنيز يوجد عادة ينسب اقل من واحد جزء في المليون . الملاحظة العامة ان المياه ذات القلويه العالية بها نسب اقل من الحديد والمنجنيز عن المياه ذات القلويه المنخفضة، كذلك فإن تركيز الحديد في المياه الجوفية حيث التربة الحاملة للخزان الجوفي تكون زلطيه يكون اقل منه في التربة الحاملة الصخرية. مركبات الحديد المتحدة مع مواد عضويه أو الغير مذابة تزال اثناء مرور المياه خلال مصفاة البئر وترشيحها وكذلك بفعل الترشيح للتربة الحاملة وذلك أثناء ضخ المياه من البئر الجوفي .