الجذور الجانبية داخلية المنشأ وتتكون من الأنسجة الداخلية لجسم الجذر الذي تفرعت عنه، ففي النباتات البذرية تنشأ من المحيط الدائر ، أما لدى النباتات التريدية فتنشأ من الأدمة الباطنة. يمر تشكل الجذر الجانبي بالمراحل التالية ( الشكل 1)

- يبدأ تشكل الجذر الجانبي بتراجع خلايا المحيط الدائر المقابلة للخشب الأول - الحالة الأكثر شيوعاً عن تمایزها كخلايا برنشيمية، وتدعى هذه المرحلة بأصالة الجذر الجانبي.

- ينتج عن النشاط التقسمي لأصالة الجذر كتلة من الخلايا المتجانسة والمتماثلة، تدعى بأوالة الجذر. تشكل أوالة الجذر ضغطاً ميكانيكياً على طبقات القشرة، كما وتفرز خلاياها إنزيمة البكتيناز الذي يعمل على تفكك الصفائح المتوسطة بين الخلايا مما يسهل عملية انسياب هذه الأوالة ونموها.

- تبدأ الأوالة، خلال اختراقها طبقات القشرة بالتعضي تدريجيا وتتحول بذلك إلى بداءة جذر مكتمل.

تترتب الجذور الجانبية على الجذر المتفرعة عنه وفق نظام محدد تدعى بالجذور الثانوية عندما تتفرع عن الجذر الابتدائي، فهي تظهر في صفوف طولية على امتداد منطقة التفرع ، كما ويوجد علاقة محددة بين منشأ هذه الجذور ووضع مجاميع الخشب الابتدائي التي تتناوب مع مجاميع اللحاء الابتدائي، وهنا نميز ما يلي ( الشكل 2 )

شكل (1) الية تشكل الجذر لدى النباتات الراقية ( 1- المحيط الدائر , 2- الادمة الباطنة , 3- اللحاء  , 4- القشرة الابتدائية ) .

شكل (2) تباين المنطلق الداخلي للجذور الجانبية
A-Bالجذور الجانبية مقابل الخشب , C-Dالجذور الجانبية بين مجاميع الخشب واللحاء
Eوفرة عدد الجذور الجانبية لدى نباتات احاديات الفلقة ( 1.خشب , 2. لحاء , 3. جذور ثانوية )

الحالة الأكثر شيوعاً هو تساوي عدد الصفوف الطولية للجذور الجانبية مع عدد مجاميع الخشب الأول، فيمكن أن يكون عدد رؤوس الخشب اثنان وبالتالي عدد صفوف الجذور الجانبية، وهذا حال الجذور لدى النباتات التريدية Pteridophyta وبعض الأنواع التي تنتمي لثنائيات الفلقة، كنبات حبة البركة Nigella damascena. أو يكون عدد رؤوس الخشب أربعة وكذا الصفوف الطولية للجذور الجانبية، كما لدى العديد من نباتات ثنائيات الفلقة مثل .Ranunculus sp ونبات فيكاريا Ficaria - يمكن أن يكون عدد الصفوف الطولية للخشب ضعف عدد مجاميع الخشب الأول، حيث نلاحظ أن عدد الصفوف يساوي أربعة بينما يقابله رأسين من الخشب الأول. في هذه الحالة يتم تشكل الجذر الجانبي على حساب خلايا المحيط الدائر الموجودة ما بين الخشب الأول واللحاء الأول تماماً وبزاوية 45 درجة، بهذا تتعامد الصفوف الطولية للجذور مع رؤوس الخشب الأول، كما لدى أجناس الفصيلة الباذنجانية Solanaceae والفصيلة الخنازيرية Scopulariaceae ، لدى أجناس الفصيلة الملفوفية Brassicaceae والفصيلة القرنفلية Caryophyllaceae تنطلق الجذور الجانبية من موقع بين الخشب الأول واللحاء الأول إنما بزاوية أصغر من 45 درجة بالنسبة لرأس الخشب - أي أقرب لمنطقة الخشب منه إلى اللحاء.

لدى نباتات أحاديات الفلقة يتساوى عدد الصفوف الطولية للجذور الجانبية مع عدد رؤوس الخشب المشكلة للأسطوانة المركزية للجذر المتفرعة عنه. ومثل هذه الجذور تنطلق مقابل رأس اللحاء الأول.