كما ذكرنا تحولت هيئة الفرسان الاسبتارية إلى الطابع الحربي بصورة تدريجية، ومن ثم اصحبهم معه ملك بيت المقدس في حملاته العسكرية، فقد شاركوا في رد الهجوم الإسلامي عن أنطاكية عام 1119م والذي عد المشاركة الأولى للإسبتارية في حماية المستعمرات الصليبية في الساحل الشامي، كما شاركوا في حصار مدينة صور عام 1124م.  ومع مرور الوقت زادت ثقة العرش الصليبي في مملكة بيت المقدس بهيئة فرسان القديس يوحنا وظهر ذلك واضحا في عهد فولك أنجو الذي لمس القدرات القتالية العالية لهؤلاء الفرسان ومن ثم قرر إسناد بعض الوظائف إليهم ومنها مهمة الدفاع عن بعض القلاع الحدودية مثل قلعة بيت جبرين شرق مدينة عسقلان، وهو ما جعل فرسان الجماعة في مواجهة شبه مستمرة مع القوات المصرية الفاطمية المرابطة في عسقلان، كما حرص كونت طرابلس ريموند الثاني على الاستفادة من قوة الإسبتارية حين تنازل لهم عن قلاع حصن الأكراد والبقيعة ورفنية وبعرين ليقوموا بحمايتها، وقد عرضتهم هذه المنحة لمواجهات عسكرية شديدة الوطأة مع المسلمين الذين حرصوا على مواصلة الهجوم على حدود إمارة طرابلس.

وحين قدمت الحملة الصليبية الثانية عام 1148م ظهر الاسبتارية بوضوح في مجلس الحرب الذي عقد في عكا، ومثلهم فيه مقدم الجماعة ريموند دي بوي وقد برز في الاجتماع صوت المقدم الذي بدا من نصائحه أنه عسكري متمرس، وعقب فشل الحملة حاولت المصادر الصليبية إيجاد سبب لهذا الفشل، واتهمت عددًا من القيادات الصليبية بتلقي أموال من المسلمين، ومن بينهم مقدم الإسبتارية، وإن لم تستطع أن تؤكد ذلك.

ومهما يكن من أمر فلم تستطع المملكة التخلي عن عون الهيئة، ومن ثم شارك الإسبتارية في حملات الملك بلدوين الثالث العسكرية، ومن بينها حصار عسقلان عام 1153م وكان قلعة بيت جربين من أهم مصادر الإمدادات للصليبيين في هذا الحصار، وقد كان لمقدم الإسبتارية دور كبير في التوجيهات الحربية التي قبلها الملك وأسفرت عن سقوط المدينة التي طالما سببت إزعاجا كبيراً للصليبيين. وقد أدرك المسلمون بقيادة نور الدين محمود خطورة هذه الهيئة ومن ثم حرصوا على الإيقاع بأفرادها وكسر شوكتهم ومن بين هذه الجهود تمكن قوة تابعة لنور الدين محمود عام 1157م من سحق قوة إسبتارية قوامها سبعمائة من مختلف الرتب، وهو ما مثل نكبة كبيرة للإسبتارية. وظل الإسبتارية يشاركون بفعالية واضحة في إدارة الصراع الإسلامي الصليبي حتى حطين عام 1187م؛ حيث شاركوا في مجلس الحرب للاستعداد للمعركة، كما شارك مقدم الإسبتارية روجر دي مولين في المصالحة بين قادة الصليبيين المتنازعين قبيل العركة.

مع اشتعال المعركة برز دور الاسبتارية، غير أن خطة صلاح الدين لإدارة المعركة كفلت النصر للمسلمين في النهاية مما أسفر عن سحق الجيش الصليبي وبالطبع من فيه من الفرسان الاسبتارية، الذين قتل عدد كبير منهم ومن بقي على قيد الحياة أمر صلاح الدين بقتلهم على الفور لعلمه بخطورة هؤلاء الفرسان وتعصبهم الأعمى، حتى أن العماد الأصفهاني وصف الداوية والاسبتارية بقوله "طهر الأرض من الجنسين "النجسين بل أعلن صلاح الدين أن كل من يحضر أسيرًا إسبتاريًا أو داويًا مكافأته خمسون ديناراً ، وهو مبلغ ضخم بعيار هذا العصر. ومهما يكن من أمر فقد شارك فرسان الاسبتارية في الدفاع عن صور حين حاصرها صلاح الدين وتفانوا في الدفاع عنها حتى اضطر صلاح الدين لفك الحصار، كما لعبوا دورا كبيرًا في إحداث الحملة الصليبية الثالثة.

وبالرغم من آثار حطين الكارثية إلا أن الحملة الصليبية الثالثة أدت استيلاء الصليبيين على شريط ساحلي ضيق هو كل ما بقي للصليبيين في بلاد الشام ولولا صراعات وخلافات المسلمين لما صمد هذا الشريط حتى عام 1290م. لكن على أية حال أدرك الصليبيون أن مصر هي قلب المقاومة ومن هنا صارت مصر هدفا للصليبيين في الغرب، ونالها بشكل مباشر حملتان هما الخامسة بقيادة حنا دي بريين والتي انتهت بحصار الصليبيين في أوحال دلتا النيل، وفي هذه الحملة شارك الإسبتارية بدور كبير، ونتيجة مواقفهم سلك المندوب البابوي بلا جيوش موقفًا متشددا في التعامل الملك الصليبي، ورفض عروض الصلح من الملك الكامل، ومن ثم انتهت الحملة بحصارها في أوحال الدلتا عام 1221م.

أما الحملة الصليبية السابعة 1248 - 1250م - بقيادة لويس التاسع ملك فرنسا- فقد شارك فيها الإسبتارية بنحو خمسمائة فارس وخمسمائة من التركبولية ودائما كانوا في صدارة القوات الصليبية عند الهجوم على المسلمين، وقدموا للكونت أرتوا نصائح هامة عند الهجوم على المنصورة غير أن عدم الاستماع إليها أ قاد الحملة إلى الفشل ووقوع الجميع في الأسر فبما فيهم ملك فرنسا لويس التاسع. وقد أخذت قوة الصليبيين في الشام تتراجع بعد فشل حملة لويس في ظل سياسة التصفية التي قادها المماليك في عهود الظاهر بيبرس والمنصور قلاوون والأشرف خليل بن قلاوون، خلال هذه الفترة برز دور الإسبتارية وباقي التنظيمات الدينية لتلعب دوراً كبيرا في ظل تدهور القوة العسكرية في مملكة بيت المقدس وأنطاكية وطرابلس، وبالرغم من أن الحصول على هذه الأملاك عد عبئا على الهيئة إلا أن الهيئة لم تتردد في حيازتها أملا في الدعم الأوربي الذي يزيد من سطوتهم في الشرق، وهو ما جعل القادة الصليبيين العجزيين يتنازلون عن أملاكهم لهذه الهيئات لتدافع عنها أملا في إنقاذها من سيوف المماليك، ومن أمثلة ذلك تنازل باليان ابلين عن إقطاعه في أرسوف لهيئة الإسبتارية عام 1261م، بعد أن عجز عن الدفاع عنها، غير أن الظاهر بيبرس لم يجعلهم يهنئون بها طويلا إذ استولى عليها عام 1265م.

والحقيقة أن الهيئة قد تراكم لديها ثروات هائلة جعلتها من أغنى القوى في الساحل الشامي في القرن الثالث عشر الميلادي وقد تسبب الحفاظ على تلك الثروة في الإضرار بمصالح الصليبيين في الساحل الشامي، ومن أمثلة ذلك رفضهم تسليم أسرى المسلمين للظاهر بيبرس عام 1261م بحجة أنهم أيدي عاملة ماهرة تعمل في مصانع الهيئة في المدن الصليبية وهو ما أدى إلى فشل مفاوضات الهدنة بين بيبرس والصليبيين.

ومهما يكن من أمر فقد بذل الاسبتارية جهودا كبيرة في محاولة تقدم الزحف المملوكي لكن دون جدوى، ومن ثم أخذوا يفقدون أملاكهم بصورة تدريجية فقد فقدوا قلعة كوكب في منطقة الجليل عام 1263م، كما فقدوا حصن الأكراد - الذي عجز صلاح الدين عن فتحه غير أن بيبرس لم يألُ جهداً حتى أتم فتحه عام 1271م، وأيضاً حصن المرقب استرده المنصور قلاوون عام 1285م بعد معارك عنيفة.

وكان سقوط قلعة المرقب علامة على قرب نهاية الصليبيين في الساحل الشامي ومعهم الاسبتارية بالطبع، كما قاوموا المنصور قلاوون بشدة حين حاصر طرابلس عام 1289م غير أن قوتهم سحقت وخرجوا منها صاغرين، وقد استغاث مقدم الاسبتارية حنا دي فيليه بالغرب عقب فتح طرابلس لكن لم تجد استغاثته صدى في ظل ما عانته أوربا من صراعات وحروب بينية في تلك الفترة ومن ثم أرسل البابا نيقولا الرابع نفايات المجتمع الأوربي لتدافع عن عكا آخر معاقل الصليبيين القوية في الساحل الشامي فلم يفعلوا شيئا سوى التسبب في نقض الهدنة المماليك مما قدم مبررا قويا للأشرف خليل ليحاصر عكا، وفي الحصار الأخير دافع الاسبتارية ببسالة دون جدوى فقتل جلهم وفي مقدمة من مات في هذا الحصار مارشال الجماعة متى الكلير مونى أما المقدم فقد حمل جريحا في سفينة إلي قبرص. وبذلك انتهى دور الاسبتارية في الساحل الشامي غير أن بقاياهم لم تنته وما زالت موجودة إلى اليوم.