إن اختيار الوسط المتحرك يتم بحيث تكون الخواص التجاذبية أكثر فاعلية في الوسط الثابت منها في الوسط المتحرك، فإذا كان الطور الثابت ذا خاصية قطبية كالسيليكا مثلاً، فإن الوسط المتحرك يكون غير قطبي. فمثلاً في هذه الحالة يستخدم الهيبتان العادي n-heptane) ، أو يستخدم مخلوطاً من الهيبتان مع كلوريد الميثيلين، إذ إن الوسط المتحرك يكون مؤثراً في معامل توزيع المواد المراد فصلها بين الوسط الثابت والوسط المتحرك. ويجب أن يعمل الطور المتحرك على استبقاء المواد داخل العمود لمدة كافية لفصلها ثم بعدها تخرج المكونات من العمود، إذ إنها لو مكثت مدة أطول فإن هذا سيؤثر في المنحنيات الكروماتوغرافية، وقد يؤدي إلى تداخلها ببعضها بعضًا. وهناك العديد من المذيبات التي قد تستخدم بمفردها أو يحضر خليط منها لكي تكون عملية الفصل عالية الكفاءة، ومن هذه المذيبات الماء، الكحول الإيثيلي الأسيتون الأيثر، البنزين التلوين، رابع كلوريد الكربون مرتبة حسب تناقص قطبيتها.