يوجد الكبريت في المادة العضوية بصيغ مرتبطة بالكربون أو مرتبطة بالأكسجين:
 

وحينما تخضع المادة العضوية إلى تفكيك بواسطة المتعضيات الحيوية، يحصل تحول فوري للمجموعات المحتوية على الكبريت في المركبات العضوية. يوجد الكبريت العضوي المرتبط بالكربون بوصفه مكوناً لبروتين بصيغة سيستئين (cysteine) حمض أميني، وتحصل معدنته بسيرورة (غير مؤكسدة وغير مُرجعة) وفق المبين في التفاعل 30.15. والإنزيم المسؤول عن التفاعل يأتي من أنواع جرثومية متنوعة:
 

ال desulfhydras هو إنزيم نزع كبريت آز الماء. يساوي pK a1 الـ HS نحو 7. لذا فإن جزءاً كبيراً من الكبريتيد يوجد في البيئة المرجعة، التي يكون عامل حموضتها أقل من المعتدل، على شكل جزيء غير متفكك، وهذا هو ما يعطي الرائحة الكريهة المميّزة لهذا الغاز. وهذا ما يُلاحظ عادة في بعض المستنقعات والأراضي المبلولة الأخرى. إن كبريتيد الهدروجين سام أيضاً.

وفيما يخص الكبريت العضوي المرتبط بالأكسجين، تتضمن معدنته بواسطة المتعضيات المكروية فصلا حلمهيا للرابط - S بواسطة إنزيمات السلفاتاز sulfatase

وتبقى الكبريتات في الظروف البيئية العامة بصيغتها المنزوعة البروتونات لأن قيمة pK_a تساوي 1.92