اكتشف لحد الآن تقريباً أكثر من 2000 إنزيم واستخدمت لذلك عدة طرائق لغرض تسمية تلك الإنزيمات وهذه الطرائق تعتمد على طبيعة التفاعلات طبيعة المركبات المتفاعلة (بروتينات - سكريات... الخ) وطرائق أخرى. ونظراً للصعوبة التي تحصل نتيجة استعمال هذه الطرائق المختلفة فقد اقترح توحيدها وشكلت اللجان المختصة للقيام بذلك، وادخل اتحاد الكيمياء الحياتية نظاماً حديثاً لتقسيم الإنزيمات تبعاً لتخصصها وفيه تقسم الإنزيمات إلى ستة أقسام رئيسية ولكل قسم رقم معين يدل عليه وكل قسم يشمل فروع أخرى Subgroups وهذه بدورها تقسم إلى أجزاء أخرى وكل منها يشمل مجموعة مختلفـة مــن أفــراد الإنزيمات. فقد أوصت لجنة تسمية الإنزيمات المنبعثة من الاتحاد العالمي للكيمياء الحياتية Commission on Enzymes of the International Union of Biochemistry بتوصيات منها:

أولاً:   تقسيم الإنزيمات إلى ست مجاميع استنادا الى طبيعة التفاعل الذي تحفزه وهذه الأصناف هي:

 1- إنزيمات الأكسدة والإختزال Oxidoreductases

وتتضمن الإنزيمات التي يتم فيها انتقال الالكترونات وتشمل إنزيمات الأكسدة البايولوجيــة Biological oxidation والتي تدعى الديهيدروجينيز Dehydrogenases وإنزيمات الأكسدة Oxidases وإنزيمات فوق الأكسدة Peroxidases وإنزيمات الإختزال Reductases وإنزيمات أحادية الأكسدة Monooxygenases وإنزيمات ثنائية الأكسدة Dioxygenases ، كما في التفاعل العام الأتي:

فمثلا تحول البايروفيت الى اللاكتيت بفعل إنزيم لاكتيت ديهيدروجنيزdehydrogenase  Lactate إذ تنتقل ذرتا هيدروجين من⁺NADH + H الى البايروفيت (الشكل المؤكسد البايروفيت يتحول الى الشكل المختزل  اللاكتيت) :

2- الإنزيمات الناقلة Transferases

وهي الإنزيمات التي تحفز نقل مجموعة من مركب لآخر مثل نقل مجموعة المثيـل أو الفورميل أو الكاربوكسيل أو الألديهايد أو الكيتون أو المجاميع الفوسفورية.............. الخ كما في التفاعل العام الأتي:

مثال على ذلك تفاعل نقل مجموعة الأمين من الأسبارتيت الى ألفا- كيتوكلوتاريت بفعل إنزيم أسبارتيت أمينوترانسفریز (Aspartate transferase(AST:

3- الإنزيمات المميئة Hydrolases

وهي الإنزيمات التي تحفز التحلل المائي لمواد الأساس وتشمل إنزيمات إستريز Esterase وفوسفودايستريز Phosphodiesterase وفوسفاتيز Phosphatase ولايبيز Lipase وببتايديز Peptidase، كما في التفاعل العام الأتي:

مثال على ذلك التحلل المائي للكلوكوز -6 فوسفات الى الكلوكوز بفعل إنزيم كلوكوز 6- فوسفاتيز Glucose 6 - phosphatase كما في المعادلة الآتية:

4- إنزيمات الإضافة أو الحذف yasesL (إنزيمات السنثيز Synthase) وهي الإنزيمات التي تؤدي إلى حذف مجموعة من المادة الأساس فتنتج مركباً يحتوي علـــى أصــــرة مزدوجة، أو تعمل على إضافة للآصرة المزدوجة منتجة مركباً يحتوي على أصرة منفردة وتشمل إنزيمات ديكاربوكسليز Decarboxylase وألدوليز Aldolase وديهيدرتيز Dehydratase كما في التفاعل العـــام الأتي:

مثال على ذلك عملية انشطار فركتوز 6،1 -ثنائي الفوسفات الى ثنائي هيدروكسي أسيتون فوسفات DHAP و كليسر ألديهايد 3- فوسفات GAP بفعل إنزيم الدوليز Aldolase :

5- الإنزيمات المناظرة Isomerases

وتشمل الإنزيمات التي تحفز تفاعلات التناظر وتتضمن إنزيمات الأيزوميريز Isomerase والراســميز Racemase والإبيمريز Epimerase. كما في التفاعل العام الأتي :

ومثال على ذلك تحول كلوكوز -6 فوسفات الى فركتوز 6 فوسفات بفعل إنزيم فوسفوهيكـسـوز أيزوميز Phosphohexose isomerase :

6- الإنزيمات الرابطة Ligases( إنزيمات سينثتيز Synthetase)

وهي الإنزيمات التي تعمل على ربط جزيئتين مع بعضها بحيث يؤدي إلى تكسير آصرة الفوسفات الغنية بالطاقة الموجودة في جزيئة الـ ATP أو المركبات المشابهة لها من الرايبونيوكليوسيدات الثلاثية الفوسفات وتشمل إنزيمات سينثتيز Synthetase كما في التفاعل العام الأتي:

على سبيل المثال تحول البروبانويت Propionate الى بروبيونيل مرافق الإنزيم A بفعل إنزيم أسيل مرافق الإنزيم A سنثنيز Acyl-CoA synthetase ليتم أكسدته لإنتاج الطاقة كما يأتي:

ثانياً: ترقيم الإنزيمات

إن لكل إنزيم رقماً يتكون من أربعة عناصر ، مفصولة عن بعضها بنقاط يسبقها الحرفين .E.C (والتي تعني تصريحة الإنزيم Enzyme Commission) ومنظمة بالقواعد الآتية:

أ- الرقم الأول يمثل المجموعة التي ينتمي إليها الإنزيم في تصنيف الإنزيمات ويكون من 1 الى 6.

ب- الرقم الثاني والذي يلي الرقم الأول يمثل الصنف الإضافي لهذه المجموعة Sub-class فمثلا لمجموعة الإنزيمات المؤكسدة والمختزلة يعبر هذا الرقم إلى طبيعة المجموعة الواهبة Donor والتي تحصل فيهـا الأكسدة والتي تعطي أو تهب مكافئات الاختزال الهيدروجين أو الالكترونات) في التفاعل فمثلاً:

وهكذا في بقية الإنزيمات فمثلاً الإنزيمات المميئة Hydrolases فيمثل الرقم الثاني نوع الآصرة التي تتميأ وكذلك من الإنزيمات بدون تميؤ فأن الرقم الثاني يشير الى نوع الآصرة التي تنكسر بين المجموعـــة المغادرة وتلك الباقية.

جـ - الرقم الثالث يمثل الصنف الإضافي المضاف Sub-Sub class اذ يشير إلى المادة التي تستقبل (أو تأخذ) الهيدروجين أو الإلكترون في إنزيمات الأكسدة والاختزال كما يأتي:

د - الرقم الرابع والذي يطلق عليه الرقم التسلسلي Serial number فهي تضاف اعتباطاً بدون تمثيل حقيقي له أو في بعض الأحيان استناداً الى طبيعة المادة الأساس التي يعمل عليها الإنزيم ويستفاد منه في التفريق بين المجاميع المختلفة فمثلا يعطي للإنزيمات التي تساعد في تفاعلات متشابهة ولكن ليست متطابقة ( تحلل إسترات الحوامض الكاربوكسيلية  المختلفة) نفس الأرقام الثلاثة الأولى أما الرقم الرابع فيفــــرق بينهم (أي بين الإسترات المختلفة المذكورة وبين المادة الخاضعة الفعلية. أي إستر الحامض الكاربوكسيلي الذي يقوم الإنزيم بتحليله فعلاً.

نأخذ مثالاً على تسمية الإنزيمات استناداً الى نظام لجنة الإنزيمات في التصنيف:

في التفاعل الأتي الذي يتحول فيه اللاكتيت إلى البايروفيت باستخدام إنزيم لاكتيــــت ديهيدروجنيز Lactate dehdrogenase:

وتدل التسمية على ما يأتي:

Lactate dehydrogenase تشير الى اسم الإنزيم الذي يعمل في التفاعل وهو لاكتيت ديهيدروجنيز. .

E.C تعني تصريحة الإنزيم Enzyme Commission.

الرقم الاول(1) يشير الى صنف الإنزيم وهو من إنزيمات الأكسدة والاختزال الواقع في الصنف الأول من تصنيف الإنزيمات.

الرقم الثاني (1) يشير الى المادة الواهبة للهيدروجين وهي الكحول.

الرقم الثالث (1) يشير الى المادة التي تأخذ الهيدروجين وهي ⁺NAD .

الرقم الرابع (27) يشير الى مادة الأساس التي يعمل عليها وهي L-Lactate.