ينتج تلوث الماء من مصادر عدة مختلفة ومتداخلة بعضها مع بعض وتشمل:

التلوث الناتج عن مياه الصرف الصناعي: فالصناعة تميل إلى التركز بالقرب من المسطحات المائية لاعتبارات كثيرة منها الاستفادة من النقل المائي الرخيص في تصدير منتجاتها أو استيراد ما تحتاجه من مواد خام ومصادر للطاقة، فضلاً عن سهولة الحصول على المياه اللازمة لعمليات التصنيع من ناحية، وتبريد الآلات من ناحية أخرى إذ تستهلك الصناعة اللازمة لعمليات التصنيع كميات كبيرة من المياه. لقد استغلت العلاقة ما بين الصناعة والمسطحات المائية أسوأ استغلال. إذ اتخذت هذه المسطحات كمستودعات آمنة للتخلص من نفايات المصانع السائلة والصلبة على أن تلك المسطحات قادرة على استيعاب النفايات دون أي ضرر في نظامها الإيكولوجي. إن هذه المخلفات تشمل: المواد الكيميائية، والمياه الساخنة والتلوث الأخير ويدعى (التلوث الحراري) يغير حرارة الماء ويتعارض مع استهلاك الأسماك للأوكسجين".