إن الشيخ لم يؤلف كتاباً مستقلاً في تفسير القرآن، لكن كثرة استفادته من الآيات في المباحث العقائدية والتاريخية والفقهية، وتطرقه إلى المباحث التفسيرية في القرآن تجسد إلمام هذا العالم بالمباحث التفسيرية.

يعتبر الشيخ المفيد صاحب مدرسة قرآنية بعيدة المدى، لها أصولها العريقة، ومقومات ومعالم خاصة، ولها المنهج الواضح السليم في المناظرات المذهبية والجدال الحر، وطريقة في العلوم العقلية مع منكري الأصول والعقائد: كالبحث مع المشركين في التوحيد، والجدال مع أهل الكتاب في النبوة، والمناظرة مع منكري المعاد، والحوار مع منكري العدل، والأوامر القطعية بالرجوع إلى من نصبه الله تعالى وهو الإمام المعصوم، وإثبات غيبة الإمام الثاني عشر، وشرح الآراء الكلامية لعلماء الامامية والمحدثين منهم وتصحيحها.

ومن جهة أخرى، كان تفسيره يتضمن عرضاً لكثير من آراء الفرق الإسلامية ومعتقداتها، وفيه يحدد موقفه باعتبار أنه كان من أحد شيوخ الامامية.

ويمكن أن نقول: إن اتجاه الشيخ في التفسير اتجاه كلامي عقلي، ومن خلال المنظور يمكن أن ينظر في تفسيره ومنهجه.

ولهذا كان منهجه منهجاً جديراً بالدرس والتحقيق، جديراً باهتمام الباحثين والدارسين.

وأما بالنسبة إلى تعريف منهجه في التفسير، فإن أسلوب الشيخ - رحمة الله عليه - في التعامل مع النص القرآني، أسلوب تسالم عليه علماء الإسلام في تفسير القرآن، فإنه يعتمد على فهمه بتفسير القرآن بالقرآن، وعلى التفسير الروائي، والشاهد الأدبي والمعنى اللغوي، والاجتناب عن التفسير بالرأي، وأخبار الضعفاف والغلاة في الاعتقاد...