تنظم نازعة هيدوجين البيروفات أيضا بأسيل -CoA

توجد أيضاً علاقة عكسية بين تركيز الأحماض الدهنية الحرة من جهة ونسبة نازعة هيدروجين البيروفات الفعالة إلى غير الفعالة من جهة ثانية، والتي تنظم توفير الأسيتيل -CoA لسبيل تكون الشحم. ويسبب الأسيل -CoA تثبيط نازعة هيدروجين البيروفات عن طريق تثبيط الناقل التبادلي ل ADP- ATP في الغشاء المتقدري الداخلي، مما يؤدي إلى ازدياد نسب [ATP] إلى [ADP] داخل المتقدرة، وبناء عليه يزداد تحول الشكل الفعال لنازعة هيدروجين البيروفات إلى الشكل غير الفعال . كما أن أكسدة أسيل -CoA بسبب ازدياد مستويات الأحماض الدهنية الحرة قد ترفع نسبة [أسيتيل -CoA < إلى [CoA] ونسبة [NADH] إلى [+NAD] في المتقدرات مما يثبط نازعة هيدروجين البيروفات.