تعتمد قوة الحمض على البنية الجزيئية

يمكن لكلورة حمض الأسيتيك وحمض البوتيريك (Butyric acid) أن توضح لنا تأثير البنية الجزيئية على قيم الـ pK (الجدول 3-4). قارين قيم pK للحمضين  المذكورين عند كلورتها بذرة كلور واحدة مع قيم pK للحمضين غير المستبدلين ولاحظ تترافق الكلورة مع انخفاض قيم الـ pK ، ويكمن تفسير ذلك بارتفاع كهرسلبية (Electronegativity) الكلور التي تجتذب الإلكترونات فتسهل تحرر البروتونات مؤدية إلى انخفاض قيمة الـ pK. ونلاحظ من قيم pK حمض الأسيتيك أحادي وثنائي وثلاثي الكلور أن هذا التأثير يزداد مع زيادة عدد ذرات الكلور ، كما نلاحظ أن هذا التأثير ينقص مع زيادة المسافة بين ذرة الكلور والمجموعة  المتأينة من حمض البوتيريك.

يحتوي العديد من الأحماض ذات الأهمية البيولوجية على أكثر من مجموعة تفارق أي أنها متعددة البروتونات (Polyprotic) ، ولكل مجموعة قيمة ؛ pK معينة وخاصة بها لكنها تتأثر ببعضها بعضا ؛ حيث أن وجود شحنة سلبية مجاورة يعيق تحرر البروتون من مجموعة التفارق الكربوكسيلية المجاورة فيرفع قيمة الـ pK ، ويتضح هذا التأثير من خلال قيم pK الخاصة بمجموعات التفارق لحمضي الفسفور والسيتريك (الجدول 3-5) ، كما يتضح أن تأثير الشحنة السلبية ينقص مع ابتعادها عن مجموعة التفارق بمقارنة قيمة ؛ pK2 لحمض السكسينيك (5.6) (Succinic acid) معها حمض الجلوتاريك (5.4) (Glutaric).