قد اشتهر في العالم تبريزه على الخلق في العلم والزهد والشرف ، فلم يؤثر عن أحد من أولاد رسول الله (صلّى الله عليه وآله) قبله من علم القرآن والآثار والسنن وأنواع العلوم والحكم والآداب ما اُثر عنه صلوات الله عليه واختلف إليه بقايا الصحابة ووجوه التابعين وفقهاء المسلمين ، وعرّفه رسول الله (صلى الله عليه واله) بباقر العلم على ما رواه نقلة الاثار.

عن جابر بن عبدالله الأنصاري أنّه قال : قال لي رسول الله (صلى الله عليه واله) : يوشك أن تبقى حتى تلقى ولداً لي من الحسين يقال له :محمد يبقر علم الدين بقراً، فإذا لقيته فأقرئه منّي السلام .

وروى أحمد بن محمد بن عيسى ، عن محمد بن سنان ، عن أبان بن تغلب ، عن أبي عبدالله قال :  إن جابر بن عبدالله الأنصاري كان يقعد في مسجد رسول الله (صلى الله عليه واله) وهو معتجر بعمامة سوداء، وكان ينادي : يا باقر العلم ، وكان أهل المدينة يقولون : جابر يهجر ، فكان يقول :لا والله ما أهجر ولكنّي سمعت رسول الله (صلى الله عليه واله) يقول :إنّك ستدرك رجلاً منّي اسمه اسمي وشمائله شمائلي يبقر العلم بقراً فذاك الذي دعاني إلى ما أقول .

قال : فكان جابر يأتيه طرفي النهار وكان أهل المدينة يقولون : واعجباً لجابر ياتي هذا الغلام طرفي النهار وهو أحد من بقي من أصحاب رسول اللهّ (صلى اللهّ عليه واله ).

وروى ميمون القدّاح ، عن جعفر بن محمد، عن أبيه قال : دخلت على جابر بن عبدالله فسلّمت عليه فردّ عليّ السلام وقال لي : من أنت ؟ وذلك بعد ما كفّ بصره فقلتَ : محمد بن علي بن الحسين (عليهم السلام) ، فقال : يا بنيّ ادن منّي ، فدنوت منه فقبّل يدي ثمّ أهوى إلى رجلي يقبّلها فتنحّيت عنه ، ثمّ قال لي : إن رسول الله (صلّى الله عليه وآله) يقرئك السلام ، فقلت : وعلى رسول اللهّ السلام ورحمة اللهّ وبركاته ، وكيف ذاك يا جابر؟ فقال : كنت معه ذات يوم فقال لي : يا جابر، لعلّك تبقى حتى تلقى رجلاً من ولدي يقال له : محمد بن عليّ بن الحسين يهب الله له النور والحكمة ، فأقرئه منّي السلام.

وروي عن أبي مالك ، عن عبدالله بن عطاء المكّي قال : ما رأيت العلماء عند أحد قطّ أصغر منهم عند أبي جعفر محمد بن عليّ بن الحسين (عليهم السلام) ، ولقد رأيت الحكم بن عتيبة مع جلالته في القوم بين يديه كأنّه صبيّ بين يدي معلّمه.

وكان جابر بن يزيد الجعفي إذا روى عنه قال : حدّثني وصيّ الأوصياء ووارث علم الأنبياء محمد بن عليّ بن الحسين (عليهم السلام).

وروى محمد بن أبي عمير، عن عبدالرحمن بن الحجّاج ، عن أبي عبدالله (عليه السلام) قال : إنّ محمد بن المنكدر كان يقول : ما كنت أرى أنّ مثل عليّ بن الحسين (عليهما السلام) يدع خلفاً لفضل عليّ بن الحسين حتّى رأيت ابنه محمداً، فأردت أن أعظه فوعظني .

فقال له أصحابه : بأيّ شيء وعظك ؟ قال : خرجت إلى بعض نواحي المدينة في ساعة حارّة فلقيت محمد ابن عليّ (عليهما السلام) وكان رجلاً بدينا وهو متكئ على غلامين له أسودين أو موليين له فقلت في نفسي : شيخ من شيوخ قريش في هذه الساعة على هذه الحال في طلب الدنيا ! أشهد لأعظنّه ، فدنوت منه فسلّمت عليه فسلّم عليّ ببهر وقد تصبب عرقا، فقلت : أصلحك اللهّ ، شيخ من أشياخ قريش في هذه الساعة على هذه الحال في طلب الدنيا ؟ ! لو جاءك الموت وأنت على هذه الحال ؟ قال : فخلّى عن الغلامين من يده وتساند فقال : لو جاءني والله الموت وأنا في هذه الحال جاءني وأنا في طاعة من طاعات الله عزّ وجلّ أكفّ بها نفسي عنك وعن الناس ، وإنّما كنت أخاف الموت لو جاءني وأنا على معصية من معاصي الله عزّ وجلّ

فقلت : يرحمك الله أردت أن أعظك فوعظتني.

وكان (عليه السلام) يقول : ما ينقم الناس منّا إلاّ أنّا أهل بيت الرحمة ، وشجرة النبوّة، ومعدن الحكمة ، وموضع الملائكة ، ومهبط الوحي.

وكان (عليه السلام) يقول : بليّة الناس علينا عظيمة، إن دعوناهم لم يستجيبوا لنا، وإن تركناهم لم يهتدوا بغيرنا.

وكان (عليه السلام) يقول : نحن خزنة علم الله ، ونحن ولاة أمر الله ، وبنا فتح الله الإسلام ، وبنا يختمه ، فمنا يتعلّموا ، فوالله الذي فلق الحبّة وبرأ النسمة ما علم الله في أحد إلاّ فينا، وما يدرك ما عند الله إلاّ بنا.

وروى ابن أبي عمير، عن عمر بن اُذينة، عن الفضيل ، عنه (عليه السلام) قال : لو أنّا حدّثنا برأينا ضللنا كما ضلّ من كان قبلنا، ولكنّا حدّثنا ببيّنة من ربّنا بيّنها لنبيّه (صلى الله عليه واله) فبيّنها لنا.

وسئل (عليه السلام) عن الحديث يرسله ولا يسنده فقال : إذا حدّثت بالحديث فلم اُسنده فسندي فيه أبي زين العابدين ، عن أبيه الحسين الشهيد، عن أبيه عليّ بن أبي طالب أمير المؤمنين ، عن رسول الله (صلى الله عليه واله) ، عن جبرئيل ، عن الله عزّ وجل.

وروى عنه معروف بن خربوذ قال : سمعته يقول : إنّ حديثنا صعب مستصعب ، لا يحتمله إلاّ ملك مقرّب ،أو نبيّ مرسلٌ ، أوعبد امتحن الله قلبه للإيمان.

وروى سدير الصيرفي عنه (عليه السلام) أنّه قال : إنّما كلف الله سبحانه الناس معرفة الأئمّة والتسليم لهم في ما أوردوا عليهم ، والردّ إليهم فيما اختلفوا فيه.

وروى سورة بن كليب الأسدي عنه (عليه السلام) قال : والله إنّا لخزّان الله في سمائه وفي أرضه ، لا على ذهب ولا فضّة إلاّ على علمه.

وروي عن عبيد الله بن زرارة، عن أبيه قال : كنّا عند أبي جعفر (عليه السلام) فجاء الكميت فاستأذن عليه فأذن له فأنشده :

من لقلب متيَّم مستهام * . .. . . . .. .. . .

 وقال الكميت في حديث آخر: فلمّا بلغت إلى قولي :

أخلص الله لي هواي فما  *  اُغرق نزعاً ولا تطيش سهامي

قال (عليه السلام) :. وقد اُغرق نزعاً وما تطيش سهامي.

فقلت : يا مولاي أنت أشعر منّي في هذا المعنى.

فلمّا فرغ منها قال له أبو جعفر (عليه السلام) : يا كميت ، لا تزال مؤيداً بروح القدس ما نصرتنا بلسانك ، وقلت فينا.