جعفر بن أبي إسحق المتوكل على الله و بويع جعفر بن أبي إسحق المتوكل على الله فأخذ البيعة لولده الثلاثة لمحمد بن جعفر المنتصر بالله و لإبراهيم بن جعفر المؤيد بالله و لأبي عبد الله بن جعفر المعتز بالله و جعل العهد للمنتصر و بعده للمعتز و بعده للمؤيد و عقد لكل واحد منهم لواء و ولى المنتصر العراق و الحجاز و اليمن و ولى المعتز خراسان و الري و الجبال و ولى المؤيد أجناد الشام و في أيامه امتنع إسحق بن اسمعيل بتفليس فبعث إليه بغا الكبير فقتل اسحق و أحرق المدينة و كانت كلها من خشب الصنوبر و أحرق أكثر من خمسين ألف إنسان و هاجت الزلزلة و تقطع الجبل الأقرع و سقط في البحر فمات أكثر أهل اللاذقية من تلك الهدة و تناثرت الكواكب و أخرج أحمد بن حنبل من الحبس و وصله و صرفه إلى بغداد و نفى أحمد بن دؤاد و قبض على أمواله فقال أبو العتاهية

لو كنت في الرأي منسوباً إلى رشد *** وكان عـزمك عزماً فيه توفيق

لكــان في الفقــه شغل لــو قنعت به *** مـــن أن يقال كتاب الله مخلوق

وكتب المتوكل إلى أهل بغداد كتاباً قرئ على المنبر بترك الجدل في القرآن وأن الذمة برئة ممن يقول بخلق أو غير خلق وولى يحيى بن أكثم قضاء الشرقية حسان بن قيس وكان أعور وولى قضاء الغربي سوار بن عبد الله وكان أعور فقال بعض الشعراء:

رأيت مـــــن الكبـــائر قـــاضيين *** هما أحدوثة في الخافقين

هما اقتسما العمى نصفين قسماً *** كما اقتسما قضاء الجانبين

وفي أيامه ظهر رجل بسر من رأى يقال له محمود بن الفرج النيسابوري وزعم ذو القرنين ومعه مصحف قد ألف كلاماً وتبعه على ذلك سبعة عشر رجلاً فقيل له كيف ذهبت إلى ذي القرنين من بين الناس قال لأن رجلين ببغداذ يدعيان النبوة فكرهت أن أكون ثالثهما فصفع صفيعات وتاب هو وأصحابه وبنى المتوكل وتحول إليها واتخذها وطناً فاغتيل ليلاً وهو ثمل فقتل فقيل فيه

حـانت منيتـه والعين هاجعة *** هلا أتته المنايا والقنا قصد

هــلا أتتــه أعــاديه مهاجرة *** والحرب تسعر والأبطال تجتلد

وقتل سنة سبع وأربعين ومائتين وكانت ولايته أربع عشرة سنة وعشرة أشهر وأياماً وعمره أربعين سنة ويقال إن ابنه المنتصر دس لقتله فعاش بعده ستة أشهر وروى دعبل بن علي الخزاعي عن الحسن ليلة قتل فيها المتوكل وبويع المنتصر قائلاً يقول

خليفة مات لم يأسف له أحد *** وقـــام آخر لم يفرح به أحد

فمـر ذاك ومــر الشؤم يتبعه *** وقام هذا فقام النحس والنكد